Bio.Align.hhr模块
Bio.Align支持HH-suite中的HHsearch或HHblits生成的hhr文件。
您需要通过Bio.Align功能使用此模块。
- class Bio.Align.hhr.AlignmentIterator(source)
-
由HHsearch或HHblits生成的hhr输出文件的对齐迭代器。
HH search和HH blits是隐马尔科夫模型HH程序套件的一部分。hhr格式的输出文件包含单个查询序列的多个成对比对。
- fmt: str | None = 'hhr'
- __len__()
返回对齐数量。
缓存对齐数量。如果尚未计算，则迭代器倒带到开头，并通过迭代对齐来计算对齐数量。然后迭代器返回到文件中的原始位置。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 18
- __static_attributes__ = ('_counter', '_length', 'metadata', 'query_name')