Bio.Align.免责模块

Bio。调整对Exconerate输出格式的支持。

此模块提供对免责输出的支持。Exonerate是一种用于成对序列比较的通用工具，允许您使用几种不同的模型来对齐序列。

Bio.Align.exonerate在以下Exonerate版本和型号上进行了测试：

  • 版本：2.2

  • 模型：-仿射：本地 - dna 2基因组-编码2编码 - est 2基因组-基因组2基因组 - ner -蛋白质2dna - 蛋白质2基因组-无缺陷 - unapped：翻译

尽管模型测试并非详尽无遗，但解析器应该能够应对所有Exonerate模型。如果您偶然发现不可解析的文件，请提交错误报告。

您需要通过Bio.Align功能使用此模块。

class Bio.Align.exonerate.AlignmentWriter(target, fmt='vulgar')

基类：AlignmentWriter

用于“免除”雪茄和粗俗文件格式的对齐文件编写器。

fmt: str | None = 'Exonerate'
__init__(target, fmt='vulgar')

创建AlignmentWriter对象。

论点：

  • 目标 - 输出流或文件名

  • fmt - 用粗俗的方式书写对齐（Verbose Useful Labeled

    间隙对齐报告）格式（ftt =“vulty”）或雪茄（紧凑型独特间隙对齐报告）格式（ftt =“雪茄”）。默认值为“粗俗”。

write_header(stream, alignments)

写下标题。

写页脚。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
__firstlineno__ = 38
__static_attributes__ = ('format_alignment',)
class Bio.Align.exonerate.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

免除文本、雪茄和粗俗格式的对齐迭代器。

文件中的每一行都包含一个成对对齐，这些对齐是增量加载和返回的。 匹配和不匹配的数量等比对分数信息被存储为每个比对的属性。

fmt: str | None = 'Exonerate'
__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
__firstlineno__ = 420
__static_attributes__ = ('metadata',)