Bio.motifs.meme模块

支持MEME主题格式的模块。

Bio.motifs.meme.read(handle)

将MEME程序的文本输出解析为meme.Record对象。

示例

>>> from Bio.motifs import meme
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = meme.read(f)
>>> for motif in record:
...     for sequence in motif.alignment.sequences:
...         print(sequence.motif_name, sequence.sequence_name, sequence.sequence_id, sequence.strand, sequence.pvalue)
GSKGCATGTGAAA INO1 sequence_5 + 1.21e-08
GSKGCATGTGAAA FAS1 sequence_2 - 1.87e-08
GSKGCATGTGAAA ACC1 sequence_4 - 6.62e-08
GSKGCATGTGAAA CHO2 sequence_1 - 1.05e-07
GSKGCATGTGAAA CHO1 sequence_0 - 1.69e-07
GSKGCATGTGAAA FAS2 sequence_3 - 5.62e-07
GSKGCATGTGAAA OPI3 sequence_6 + 1.08e-06
TTGACWCYTGCYCWG CHO2 sequence_1 + 7.2e-10
TTGACWCYTGCYCWG OPI3 sequence_6 - 2.56e-08
TTGACWCYTGCYCWG ACC1 sequence_4 - 1.59e-07
TTGACWCYTGCYCWG CHO1 sequence_0 + 2.05e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS1 sequence_2 + 3.85e-07
TTGACWCYTGCYCWG FAS2 sequence_3 - 5.11e-07
TTGACWCYTGCYCWG INO1 sequence_5 + 8.01e-07

class Bio.motifs.meme.Motif(alphabet=None, alignment=None)

基类：Motif

用于解析MEME（和MAST）输出的Motif的一个子集。

此子类别定义了MEME主题特定的功能和数据。这包括主题名称、主题的评价及其出现的次数。

__init__(alphabet=None, alignment=None)

初始化课程。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 62

__static_attributes__ = ('alt_id', 'evalue', 'id', 'name', 'num_occurrences')

class Bio.motifs.meme.Instance(*args, **kwds)

基类：Seq

描述MEME主题实例及其数据的类。

__init__(*args, **kwds)

初始化课程。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'_data': 'Union[bytes, SequenceDataAbstractBaseClass]'}

__firstlineno__ = 80

__static_attributes__ = ('length', 'motif_name', 'pvalue', 'sequence_id', 'sequence_name', 'start', 'strand')

class Bio.motifs.meme.Record

基类：list

用于保存MEME运行结果的类。

meme.Record是一个保存运行MEME结果的对象。它不实现自己的方法。

meme.Record类继承自列表，因此您可以通过索引访问记录中的各个主题。或者，您可以通过其名称找到主题：

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/meme.INO_up800.classic.oops.xml") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'MEME')
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA
>>> motif = record['GSKGCATGTGAAA']
>>> print(motif.name)
GSKGCATGTGAAA

__init__()

初始化课程。

__getitem__(key)

返回索引键的主题。

__firstlineno__ = 102

__static_attributes__ = ('alphabet', 'command', 'datafile', 'sequences', 'version')