生物。图案。最小模块

支持MEME最小主题格式的模块。

Bio.motifs.minimal.read(handle)

将MEME程序的文本输出解析为meme.Record对象。

示例

>>> from Bio.motifs import minimal
>>> with open("motifs/meme.out") as f:
...     record = minimal.read(f)
...
>>> for motif in record:
...     print(motif.name, motif.evalue)
...
1 1.1e-22

您可以通过索引访问记录中的各个主题，或者通过其名称查找主题：

>>> from Bio import motifs
>>> with open("motifs/minimal_test.meme") as f:
...     record = motifs.parse(f, 'minimal')
...
>>> motif = record[0]
>>> print(motif.name)
KRP
>>> motif = record['IFXA']
>>> print(motif.name)
IFXA

该函数不会检索实例，因为没有最小模因格式的实例。

class Bio.motifs.minimal.Record

基类：list

用于保存最小MEME运行结果的类。

__init__()

初始化记录类值。

__getitem__(key)

返回索引键的主题。

__firstlineno__ = 72

__static_attributes__ = ('alphabet', 'background', 'command', 'datafile', 'sequences', 'version')