Bio. DBC.StructureBuilder模块

构建结构对象的消费者类。

这由PDBParser和MMCIFparser类使用。

class Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder

基类：object

处理构造结构对象。

PDBParser类使用StructureBuilder类将文件转换为Structure对象。

__init__()

初始化此实例。

set_header(header)

设置标题。

set_line_counter(line_counter: int)

跟踪正在分析的DBC文件中的行。

论点：

• line_counter - int

init_structure(structure_id: str)

用给定的id初始化一个新的Structure对象。

论点：

• 结构_id -字符串

init_model(model_id: int, serial_num: int | None = None)

使用给定id创建新的Model对象。

论点：

• id - int

• Serial_num - int

init_chain(chain_id: str)

使用给定id创建一个新的Chain对象。

论点：

• chain_id -字符串

init_seg(segid: str)

标记segid的更改。

论点：

• segid -字符串

init_residue(resname: str, field: str, resseq: int, icode: str)

创建一个新的Residue对象。

论点：

• resName -字符串，例如“RST”

• 字段-异源标志，“W”代表水，“H”代表异源残基，否则为空白。

• resseq - int，序列标识符

• icode -字符串，插入代码

init_atom(name: str, coord: ndarray, b_factor: float | None, occupancy: float | None, altloc: str, fullname: str, serial_number=None, element: str | None = None, pqr_charge: float | None = None, radius: float | None = None, is_pqr: bool = False)

创建一个新的Atom对象。

论点：

• 名称-字符串、原子名称，例如CA，应删除空白

• coord - NumPy数组（Float 0，长度3），原子坐标

• b_因子-浮动，B因子

• 占用率-浮动

• altloc -字符串，替代位置说明符

• 全名-字符串，原子名称，包括空白，例如“CA”

• 元素-字符串，大写，例如“HG”代表汞

• pqr_charge - float，原子荷（PQR格式）

• radius - float，原子半径（PQR格式）

• is_pqr -布尔，指定是否正在解析.pqr文件的标志

set_anisou(anisou_array)

设置当前原子的各向异性B因子。

set_siguij(siguij_array)

设置当前Atom的各向异性B因子的标准差。

set_sigatm(sigatm_array)

设置当前Atom原子位置的标准差。

get_structure()

返回结构。

set_symmetry(spacegroup, cell)

设置对称性。

__firstlineno__ = 41

__static_attributes__ = ('atom', 'chain', 'header', 'line_counter', 'model', 'residue', 'segid', 'structure')