生物对齐链模块
Bio.Align支持“链”成对对齐格式。
正如UCSC所描述的那样，链文件将一系列成对比对存储在单个文件中。通常，它们用于基因组到基因组的比对。链文件存储对齐片段的长度、对齐间隙和对齐分数，但不存储对齐序列。
请参阅https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/chain.html。
您需要通过Bio.Align功能使用此模块。
链文件格式中的坐标是根据从零开始的起始位置（如Python）和对齐区域大小定义的。
- class Bio.Align.chain.AlignmentWriter(target)
-
UCSC链文件格式的对齐文件编写器。
- fmt: str | None = 'chain'
- format_alignment(alignment)
返回具有一个对齐格式为链块的字符串。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 30
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.Align.chain.AlignmentIterator(source)
-
UCSC链文件的对齐迭代器。
文件中的每个链块都包含一个成对比对，这些比对是增量加载和返回的。 比对得分作为比对的属性进行评分; ID存储在由比对的注释属性引用的字典中的键“id”下。
- fmt: str | None = 'chain'
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 163
- __static_attributes__ = ('_line',)