Bio.motifs.jaspar包

子模块

模块内容

JASPAR2014模块。

class Bio.motifs.jaspar.Motif(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

基类：Motif

Bio.motifs.Motif的一个子集，用于表示JASVAR配置文件。

如果有的话，将存储其他元数据信息。元数据的可用性取决于JASVAR主题的来源（“pfm”格式文件、“jaspar”格式文件或JASVAR数据库）。

__init__(matrix_id, name, alphabet='ACGT', alignment=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

构造一个JASPARMotif实例。

property base_id

返回JASPAR基本矩阵ID。

property version

返回JASVAR矩阵版本。

__str__()

返回JASVAR配置文件的字符串表示形式。

我们选择仅提供已填写的元数据信息。

__hash__()

返回与JASVAR配置文件对应的哈希键。

注意:

我们假设矩阵ID的唯一性

__eq__(other)

如果矩阵ID相同，则返回True。

__annotations__ = {}
__firstlineno__ = 17
__static_attributes__ = ('acc', 'collection', 'comment', 'data_type', 'matrix_id', 'medline', 'name', 'pazar_id', 'species', 'tax_group', 'tf_class', 'tf_family')
class Bio.motifs.jaspar.Record

基类：list

代表jaspar主题列表。

属性：

  • version：使用的JASPAR版本

__init__()

初始化课程。

__str__()

返回记录中所有图案的字符串。

to_dict()

将矩阵列表作为矩阵字典返回。

__firstlineno__ = 128
__static_attributes__ = ('version',)
Bio.motifs.jaspar.read(handle, format)

从几种不同JASVAR格式之一的文件中读取图案。

返回PFA的记录。根据传递的格式调用适当的例程。

Bio.motifs.jaspar.write(motifs, format)

以“pfm”或“jaspar”格式返回主题的表示。

Bio.motifs.jaspar.calculate_pseudocounts(motif)

计算伪计数。

计算序列总数乘以背景核苷酸的平方根。

Bio.motifs.jaspar.split_jaspar_id(id)

将JASPAR矩阵ID拆分为其组件。

组件有基本ID和版本号，例如“MA 0047.2”返回为（“MA 0047”，2）。