Bio.NMR.xpktools模块

用于操作nmrview .xpk峰值列表文件中数据的工具。

class Bio.NMR.xpktools.XpkEntry(entry, headline)

基类：object

提供对nmrview .xpk文件中单个条目的字典访问权限。

此类适合处理nmrview .xpk文件中的单行非标头数据。此类提供了通过峰值列表标题最后一行中列出的字段名称提取数据的方法。

参数:

xpkentrystr: nmrview .xpk文件中的行。
xpkheadlinestr: 头文件中给出条目名称的行。这通常是标题的第六行，1-起源。

属性:

fieldsdict: 字段词典，其中键在标题行中，值是条目。变量可以通过标题行中的名称访问，如self.field中的那样 ["H1.P"] 例如，将返回H1.P条目。self.field ["entrynum"] 返回行号（行的第一个字段）

__init__(entry, headline): 初始化课程。

__firstlineno__ = 10

__static_attributes__ = ('fields',)

class Bio.NMR.xpktools.Peaklist(infn)

基类：object

提供对nmrview xpk文件中标题行和数据的访问。

头文件行和文件数据可作为属性使用。

参数:

infnstr: 输入nmrview文件名。

属性:

firstlinestr: 标题中的第一行。
axislabelsstr: 轴标签。
datasetstr: 数据集的标签。
swstr: SW坐标。
sfstr: sf坐标。
datalabelsstr: 条目的标签。
data列表: 文件标题行后面的数据。

示例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> peaklist.firstline
'label dataset sw sf '
>>> peaklist.dataset
'test.nv'
>>> peaklist.sf
'{599.8230 } { 60.7860 } { 60.7860 }'
>>> peaklist.datalabels
' H1.L  H1.P  H1.W  H1.B  H1.E  H1.J  15N2.L  15N2.P  15N2.W  15N2.B  15N2.E  15N2.J  N15.L  N15.P  N15.W  N15.B  N15.E  N15.J  vol  int  stat '

__init__(infn): 初始化课程。

residue_dict(index)

返回“数据”中按剩余数或核索引的行的分类。

核心应该以与xpack标签行中出现的相同形式作为输入参数（例如H1，15 N）

参数:

indexstr: 索引数据的核心。

返回:

resdictdict: 索引核到数据行的映射。

示例

>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist
>>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk')
>>> residue_d = peaklist.residue_dict('H1')
>>> sorted(residue_d.keys())
['10', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', 'maxres', 'minres']
>>> residue_d['10']
['8  10.hn   7.663   0.021   0.010   ++   0.000   10.n   118.341   0.324   0.010   +E   0.000   10.n   118.476   0.324   0.010   +E   0.000  0.49840 0.49840 0']

write_header(outfn): 将输入文件的标题行写入处理 outfn .

__firstlineno__ = 51

__static_attributes__ = ('axislabels', 'data', 'datalabels', 'dataset', 'dict', 'firstline', 'sf', 'sw')

Bio.NMR.xpktools.replace_entry(line, fieldn, newentry)

用字段号替换字符串中的条目。

目前没有实施填充。如果原始字段项和新字段项的长度不同，间隔将会更改。

Bio.NMR.xpktools.data_table(fn_list, datalabel, keyatom)

从输入xpk文件列表生成数据表。

参数:

fn_list列表: .xpk文件名列表。
datalabelstr: 报告的数据元素。
keyatomstr: 用作数据表索引的核心名称。

返回:

outlist列表: 索引的表行列表 keyatom .