Bio. PDB.ic_重建模块
将XYZ结构转换为内部坐标并返回测试结果。
- Bio.PDB.ic_rebuild.structure_rebuild_test(entity, verbose: bool = False, quick: bool = False) dict
测试从内部坐标重建DBC结构。
生成实体的内部坐标并写入内存中的.pic文件，然后从.pic文件生成XYZ坐标，并将生成的实体与原始实体进行比较。
看到
IC_Residue.pic_accuracy如果唯一的问题是坐标的微小差异，则改变中间.pic文件的数字准确性。请注意，在默认设置下，氘初始结构将无法通过比较，加载替代结构的结构也将无法通过 IC_Residue.accept_atoms 设置. 使用 quick=True 和/或变体 AtomKey.d2h 和 IC_Residue.accept_atoms 设置.
- 参数:
entity (Entity) -- Biopython结构、模型或链。要测试的结构
verbose (bool) -- 默认为假。打印额外消息
quick (bool) -- 默认为假。仅检查内部坐标atom数组是否相同
- 返回:
dict比较dict来自
compare_residues()
- Bio.PDB.ic_rebuild.report_IC(entity: Structure | Model | Chain | Residue, reportDict: dict[str, Any] = None, verbose: bool = False) dict[str, Any]
使用每个实体级别的ic数据元素计数生成dict。
- 报告Dict条目是：
idcode：DBC ID
hdr：DBC标题行
MDL：模型
chn：链条
res：残余对象
res_e：具有二面体和/或面体的残基
dih：二面体
hed：hedra
- 参数:
entity (Entity) -- Biopython DBC实体对象：S、M、C或R
- 抛出:
PDBException -- 如果实体级别不是S、M、C或R
Exception -- 如果实体没有.level属性
- 返回:
带有IC数据元素计数的分类
- Bio.PDB.ic_rebuild.IC_duplicate(entity) Structure
具有IC数据的重复结构实体，没有原子坐标。
采用
write_PIC(),read_PIC()使用StringIO缓冲区。电话Chain.atom_to_internal_coordinates()如果需要- 参数:
entity (Entity) -- Biopython DBC实体（Atom将失败）
- 返回:
Biopython PDC结构，除了初始坐标之外没有Atom对象
- Bio.PDB.ic_rebuild.compare_residues(e0: Structure | Model | Chain, e1: Structure | Model | Chain, verbose: bool = False, quick: bool = False, rtol: float = None, atol: float = None) dict[str, Any]
比较2个Biopython DBC实体的完整ID和原子坐标。
跳过DNA和HEATM。
- 参数:
e0,e1 (Entity) -- Biopython PDB实体对象（S、M或C）。要比较的结构、型号或链条
verbose (bool) -- 是否打印不匹配信息，默认为False
quick (bool) -- 默认为假。仅检查atomArrays是否相同，如果不同，则aCoordMatchCount=0
atol (float rtol,) -- 默认1 e-03、1 e-03或四舍五入为3位。NumPy allclose参数;默认是将原子坐标四舍五入到3位并测试相等。 对于“quick”，将使用上面的默认值来比较atomArrays
- 返回法令:
残基、完整ID匹配残基、原子、完整ID匹配原子和坐标匹配原子的结果计数;报告字符串;错误状态（布尔）