Bio.Phylo. PhyloHTML模块

与Inbox HTML元素对应的类。

另见

官方规格：: http://phyloxml.org/
期刊文章：: Han和Zmasek（2009），https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-356

exception Bio.Phylo.PhyloXML.PhyloXMLWarning

基类：BiopythonWarning

不符合XML规范的警告。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 32

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PhyloXML.PhyloElement

基类：TreeElement

所有PhyloML对象的Base Class。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 49

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml(attributes, phylogenies=None, other=None)

基类：PhyloElement

PhyloML文档的根节点。

包含任意数量的Phylogene元素，后面可能跟随来自其他命名空间的元素。

参数:

属性dict: (XML命名空间定义）
系统发育列表: 进化树
其他列表: 任意非可重写的HTML元素（如果有的话）

__init__(attributes, phylogenies=None, other=None): 初始化PhyloML对象的参数。

__getitem__(index): 通过索引或名称获得一个序列号。

__iter__(): 迭代该对象中的系统发生树。

__len__(): 返回此对象中系统发生树的数量。

__str__(): 返回对象中异源的名称。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 53

__static_attributes__ = ('attributes', 'other', 'phylogenies')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Other(tag, namespace=None, attributes=None, value=None, children=None)

基类：PhyloElement

树中非可重写的HTML元素的容器。

通常，Other对象要么具有“值”，要么具有“children”的非空列表，但不能同时具有。不过，这在这里并未强制执行。

参数:

标签字符串: 该文档的本地标签
命名空间字符串: 该节点的ML命名空间--不应是默认的ExpressML命名空间。
属性字符串的法令: ML节点上的属性
值字符串: 直接包含在此XML节点中的文本
儿童列表: 子节点，如果有（也 Other 实例）

__init__(tag, namespace=None, attributes=None, value=None, children=None): 初始化非可重写的HTML元素的值。

__iter__(): 迭代此对象的子项（如果有的话）。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 110

__static_attributes__ = ('attributes', 'children', 'namespace', 'tag', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny(root=None, rooted=True, rerootable=None, branch_length_unit=None, type=None, name=None, id=None, description=None, date=None, confidences=None, clade_relations=None, sequence_relations=None, properties=None, other=None)

基类：PhyloElement, Tree

系统发生树。

参数:

根进化枝: 此树的根节点/进化枝
植根bool: 如果这棵树是扎根的话，这是真的
可再生根的bool: 如果这棵树可以重新扎根，这是真的
branch_length_unit字符串: 分支上branch_long值的单位
名称字符串: 此树的标识符，不要求唯一
IDID: 此树的唯一标识符
描述字符串: 纯文本描述
日期日期: 此树根节点的日期
个自信列表: 这棵树的信心对象
clade_relations列表: CladeRelation对象
sequence_relations列表: SequenceRelation对象
性能列表: 属性对象
其他列表: 非可重写的HTML元素（类型 Other )

__init__(root=None, rooted=True, rerootable=None, branch_length_unit=None, type=None, name=None, id=None, description=None, date=None, confidences=None, clade_relations=None, sequence_relations=None, properties=None, other=None): 初始化系统发生树对象的值。

classmethod from_tree(tree, **kwargs)

给定一棵树（来自Newick/Nexus或Base Tree）创建新的系统发育。

关键词争论很常见 Phylogeny 构造函数参数。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)

在给定Newick或BaseTree Clade对象的情况下创建新的系统发育。

关键词争论很常见 PhyloXML.Clade 构造函数参数。

as_phyloxml()

返回此树，这是一个与PhylloML兼容的Phylogene对象。

覆盖 BaseTree 法

to_phyloxml_container(**kwargs): 创建一个仅包含该谱系的新Phyloxml对象。

to_alignment(): 根据此树中的对齐序列构建MultipleSeqAlliance。

property alignment: 根据此树中的对齐序列构建对齐对象。

property confidence

相当于自我自信 [0] 如果只有1个值（PRIVATE）。

另请参阅： Clade.confidence , Clade.taxonomy

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 144

__static_attributes__ = ('branch_length_unit', 'clade_relations', 'confidences', 'date', 'description', 'id', 'name', 'other', 'properties', 'rerootable', 'root', 'rooted', 'sequence_relations', 'type')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Clade(branch_length=None, id_source=None, name=None, width=None, color=None, node_id=None, events=None, binary_characters=None, date=None, confidences=None, taxonomies=None, sequences=None, distributions=None, references=None, properties=None, clades=None, other=None)

基类：PhyloElement, Clade

描述当前系统发生树的一个分支。

以递进方式使用，描述系统发生树的布局。

两 color 和 width 元素应该被客户端代码解释为应用于整个进化枝，包括所有后代，除非覆盖in-sub进化枝。这个模块不会自动将这些属性分配给子分支来实现这种级联--您也不应该这样做。

参数:

branch_length: 该进化支的亲枝长度
id_source: 将其他元素链接到分支（在html级别）
名称字符串: 该进化支的短标签
个自信Confidence对象列表: 用于表示对分支/父分支的支持。
宽度浮子: 该进化枝的分支宽度（包括来自父代的分支）
颜色BranchColor: 用于该进化枝图形显示的颜色
node_id: 此分支根节点的唯一标识符
分类法列表: 分类对象
序列列表: 序列对象
事件事件: 将此类事件描述为该进化支根节点/父分支的基因复制
binary_charactersBinaryCharacters: 二进制字符
分布分发对象列表: 该进化支的分布
日期日期: 该分支根节的日期
引用列表: 参考对象
性能列表: 属性对象
进化枝列出进化枝对象: 亚进化枝
其他其他对象列表: 非可重写的HTML对象

__init__(branch_length=None, id_source=None, name=None, width=None, color=None, node_id=None, events=None, binary_characters=None, date=None, confidences=None, taxonomies=None, sequences=None, distributions=None, references=None, properties=None, clades=None, other=None): 初始化Clade对象的值。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)

从Newick或BaseTree Clade对象创建新的PhyloXML Clade。

关键字参数是常用的PhyloXML Clade构造函数参数。

to_phylogeny(**kwargs): 创建一个仅包含该进化枝的新谱系。

property confidence: 返回置信度值（PRIVATE）。

property taxonomy: 获取分支的分类列表（PRIVATE）。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 323

__static_attributes__ = ('binary_characters', 'branch_length', 'clades', 'color', 'confidences', 'date', 'distributions', 'events', 'id_source', 'name', 'node_id', 'other', 'properties', 'references', 'sequences', 'taxonomies', 'width')

class Bio.Phylo.PhyloXML.BranchColor(*args, **kwargs)

基类：PhyloElement, BranchColor

管理树枝的颜色。

__init__(*args, **kwargs): 初始化BranchColor对象的参数。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 506

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PhyloXML.Accession(value, source)

基类：PhyloElement

捕获序列标识符中的本地部分。

例子：在 UniProtKB:P17304 ，Accession实例属性 value P17304， source 属性是“UniProtKB”。

__init__(value, source): 初始化Accession对象的值。

__str__(): 显示类别名称和标识属性。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 517

__static_attributes__ = ('source', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Annotation(ref=None, source=None, evidence=None, type=None, desc=None, confidence=None, uri=None, properties=None)

基类：PhyloElement

分子序列的注释。

建议使用可选的“ref”属性进行注释。

参数:

ref字符串: 参考字符串，例如“GO：0008270”、“KEGG：四氯乙烯降解”、“EC：1.1.1.1”
源字符串: 此注释的纯文本源
证据str: 将证据描述为自由文本（例如“实验性”）
desc字符串: 自由文本描述
信心信心: 说明支持的类型和价值（类型Confidence）
性能列表: 来自外部资源的类型化和引用的注释
URIURI: 链路

re_ref = re.compile('[a-zA-Z0-9_]+:[a-zA-Z0-9_\\.\\-\\s]+')

__init__(ref=None, source=None, evidence=None, type=None, desc=None, confidence=None, uri=None, properties=None): 初始化Annotation对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 534

__static_attributes__ = ('confidence', 'desc', 'evidence', 'properties', 'ref', 'source', 'type', 'uri')

class Bio.Phylo.PhyloXML.BinaryCharacters(type=None, gained_count=None, lost_count=None, present_count=None, absent_count=None, gained=None, lost=None, present=None, absent=None)

基类：PhyloElement

分支根的二进制字符。

分支根处存在、获得和丢失的二进制字符的名称和/或计数。

__init__(type=None, gained_count=None, lost_count=None, present_count=None, absent_count=None, gained=None, lost=None, present=None, absent=None): 初始化BinaryCharacters对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 586

__static_attributes__ = ('absent', 'absent_count', 'gained', 'gained_count', 'lost', 'lost_count', 'present', 'present_count', 'type')

class Bio.Phylo.PhyloXML.CladeRelation(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None)

基类：PhyloElement

表示两个进化枝之间的类型化关系。

例如，这可以用于描述一个分支的多个父母。

__init__(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None): 初始化CladeRelation对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 619

__static_attributes__ = ('confidence', 'distance', 'id_ref_0', 'id_ref_1', 'type')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Confidence(value, type='unknown')

基类：float, PhyloElement

通用信心元素。

例如，这可以用于表达进化枝的引导支持值（在这种情况下 type 属性是“Bootstrap”）。

参数:

值浮子: 置信度值
类型字符串: 信心类型的标签，例如“Bootstrap”

static __new__(cls, value, type='unknown'): 创建并返回具有指定值和类型的Confidence对象。

property value: 返回Confidence对象的浮点值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 641

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PhyloXML.Date(value=None, unit=None, desc=None, minimum=None, maximum=None)

基类：PhyloElement

与进化枝/节点相关的日期。

通过使用“Value”元素和/或带有“desc”元素的自由文本（例如“Silurian”），其值可以是数字的。如果使用数字值，建议使用“单位”属性。

参数:

单元字符串: 数值类型（例如“mya”代表“百万年前”）
值浮子: 的日期值
desc字符串: 日期的纯文本描述
最小浮子: 日期值下限
最大浮子: 日期值的上限

__init__(value=None, unit=None, desc=None, minimum=None, maximum=None): 初始化Date对象的值。

__str__(): 显示类名和可读的日期。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 667

__static_attributes__ = ('desc', 'maximum', 'minimum', 'unit', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Distribution(desc=None, points=None, polygons=None)

基类：PhyloElement

一个进化枝项目的地理分布（物种、序列）。

适用于地理应用。

参数:

desc字符串: 位置的自由文本描述
要点：列表 Point 对象列表: 坐标（类似于Google KML格式中的“Point”元素）
多边形：列表 Polygon 对象列表: 定义地理区域的坐标集

__init__(desc=None, points=None, polygons=None): 初始化Distance对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 705

__static_attributes__ = ('desc', 'points', 'polygons')

class Bio.Phylo.PhyloXML.DomainArchitecture(length=None, domains=None)

基类：PhyloElement

蛋白质的结构域结构。

参数:

长度int: 蛋白质序列的总长度
域列出Protein域名对象: 该蛋白质内的结构域

__init__(length=None, domains=None): 初始化DomainArchitecture对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 727

__static_attributes__ = ('domains', 'length')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Events(type=None, duplications=None, speciations=None, losses=None, confidence=None)

基类：PhyloElement

进化枝根节点上的事件（例如一个基因重复）。

默认情况下，所有属性都设置为“无”，但此对象也可以被视为字典，在这种情况下，“无”值被视为缺少关键字，删除关键字会将该属性的值重置为“无”。

ok_type = {'fusion', 'mixed', 'other', 'speciation_or_duplication', 'transfer', 'unassigned'}

__init__(type=None, duplications=None, speciations=None, losses=None, confidence=None): 初始化Events对象的值。

items(): 返回事件的项目。

keys(): 返回事件的密钥。

values(): 从Events dict中的key-Value对返回值。

__len__(): 返回活动数量。

__getitem__(key): 使用给定的键获取Event的值。

__setitem__(key, val): 将项目添加到事件指令。

__delitem__(key): 使用给定密钥删除事件。

__iter__(): 迭代事件指令中存在的密钥。

__contains__(key): 如果事件dict包含密钥，则返回True。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 744

__static_attributes__ = ('confidence', 'duplications', 'losses', 'speciations', 'type')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Id(value, provider=None)

基类：PhyloElement

通用标识符元素。

允许指示标识符（例如NCBI）的提供者（或权威机构）以及值本身。

__init__(value, provider=None): 初始化标识符对象的值。

__str__(): 以字符串形式返回标识符。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 824

__static_attributes__ = ('provider', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.MolSeq(value, is_aligned=None)

基类：PhyloElement

存储分子序列。

参数:

值字符串: 序列本身
is_alignedbool: 如果此序列与其他序列对齐，则为真（通常意味着所有对齐的序列长度相同，并且可能存在缺口）

re_value = re.compile('[a-zA-Z\\.\\-\\?\\*_]+')

__init__(value, is_aligned=None): 初始化MolSeq对象的参数。

__str__(): 返回分子序列对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 843

__static_attributes__ = ('is_aligned', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Point(geodetic_datum, lat, long, alt=None, alt_unit=None)

基类：PhyloElement

一点的地理坐标，具有可选的高度。

由元素“分发”使用。

参数:

geodetic_datum字符串，必需的: 大地测量基准（也称为“地图基准”）。例如，Google的KML使用“WGS 84”。
lat数字: 纬度
长数字: 经度
alt数字: 海拔
alt_unit字符串: 海拔单位（例如“米”）

__init__(geodetic_datum, lat, long, alt=None, alt_unit=None): 初始化Point对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 868

__static_attributes__ = ('alt', 'alt_unit', 'geodetic_datum', 'lat', 'long')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Polygon(points=None)

基类：PhyloElement

一个多边形定义的一个列表'点'（由元素'分布'使用）。

参数:: points -- 3个或更多个代表顶点的点的列表。

__init__(points=None): 初始化多边形对象的值。

__str__(): 以字符串形式返回点列表。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 897

__static_attributes__ = ('points',)

class Bio.Phylo.PhyloXML.Property(value, ref, applies_to, datatype, unit=None, id_ref=None)

基类：PhyloElement

来自外部资源的类型化和引用的属性。

可以附接到 Phylogeny , Clade ，而且 Annotation 对象

参数:

值字符串: 房产价值
ref字符串: 引用外部资源，例如“NOAA：深度”
applies_to字符串: 指示属性应用于的项（例如，“节点”代表进化枝的父节点，“parent_branch”代表进化枝的父分支，或者只是“进化枝”）。
数据类型字符串: 财产的种类;仅限于xsd数据类型（例如，“xsd：string”、“xsd：boolean”、"xsd：integer“、" xsd：decimal”、“xsd：float”、“xsd：double”、“xsd：date”、“xsd：anyURI”）。
单元字符串（可选）: 财产单位，例如“METRIC：m”
id_refID（可选）: 允许将属性专门附加到一个元素（在html级别）

re_ref = re.compile('[a-zA-Z0-9_]+:[a-zA-Z0-9_\\.\\-\\s]+')

ok_applies_to = {'annotation', 'clade', 'node', 'other', 'parent_branch', 'phylogeny'}

ok_datatype = {'xsd:anyURI', 'xsd:base64Binary', 'xsd:boolean', 'xsd:byte', 'xsd:date', 'xsd:dateTime', 'xsd:decimal', 'xsd:double', 'xsd:duration', 'xsd:float', 'xsd:gDay', 'xsd:gMonth', 'xsd:gMonthDay', 'xsd:gYear', 'xsd:gYearMonth', 'xsd:hexBinary', 'xsd:int', 'xsd:integer', 'xsd:long', 'xsd:negativeInteger', 'xsd:nonNegativeInteger', 'xsd:nonPositiveInteger', 'xsd:normalizedString', 'xsd:positiveInteger', 'xsd:short', 'xsd:string', 'xsd:time', 'xsd:token', 'xsd:unsignedByte', 'xsd:unsignedInt', 'xsd:unsignedLong', 'xsd:unsignedShort'}

__init__(value, ref, applies_to, datatype, unit=None, id_ref=None): 初始化Property对象的值。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 913

__static_attributes__ = ('applies_to', 'datatype', 'id_ref', 'ref', 'unit', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.ProteinDomain(value, start, end, confidence=None, id=None)

基类：PhyloElement

表示域体系结构中的单个域。

这些位置使用基于0的索引，就像包括SeqPerformance在内的大多数Python对象所做的那样，而不是通常从1开始的生物惯例。这意味着开始和结束属性可以直接用作Seq对象上的切片索引。

参数:

开始非负整数: 使用从0开始的索引在序列上开始域
端非负整数: 序列上域的结尾
信心浮子: 可用于存储E值等
ID字符串: 唯一标识符/名称

__init__(value, start, end, confidence=None, id=None): 初始化Protein域对象的值。

classmethod from_seqfeature(feat): 从SeqPerformance创建ProteinArea对象。

to_seqfeature(): 从Protein域对象创建SeqPerformance。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 997

__static_attributes__ = ('confidence', 'end', 'id', 'start', 'value')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Reference(doi=None, desc=None)

基类：PhyloElement

进化枝的文献参考。

注意：只要可能，请使用 doi 属性而不是自由文本 desc 元素

re_doi = re.compile('[a-zA-Z0-9_\\.]+/[a-zA-Z0-9_\\.]+')

__init__(doi=None, desc=None): 初始化Reference类对象的元素。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1047

__static_attributes__ = ('desc', 'doi')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Sequence(type=None, id_ref=None, id_source=None, symbol=None, accession=None, name=None, location=None, mol_seq=None, uri=None, domain_architecture=None, annotations=None, other=None)

基类：PhyloElement

与节点相关的分子序列（蛋白质、DNA、RNA）。

一种预期用途 id_ref 是将序列链接到分类法（通过分类法 id_source ）在每个节点有多个序列和分类的情况下。

参数:

类型{'dna'，'rna'，'蛋白质'}: 该序列代表的分子类型
id_ref字符串: 引用另一个资源
id_source字符串: 来源供参考
符号字符串: 序列的短符号，例如“ACTM”（最大. 10个字符）
加入加入: 此序列的访问代码。
名称字符串: 序列的全名，例如“肌肉肌动蛋白”
位置: 基因组/染色体上序列的位置。
mol_seqMolSeq: 分子序列本身
URIURI: 链路
注释注释对象列表: 此序列的注释
domain_architectureDomainArchitecture: 该序列上的蛋白质结构域
其他其他对象列表: 非可重写的HTML元素

types = {'dna', 'protein', 'rna'}

re_symbol = re.compile('\\S{1,10}')

__init__(type=None, id_ref=None, id_source=None, symbol=None, accession=None, name=None, location=None, mol_seq=None, uri=None, domain_architecture=None, annotations=None, other=None): 初始化Sequence对象的值。

classmethod from_seqrecord(record, is_aligned=None): 从SeqRecord对象创建新的PhyloML Sequence。

to_seqrecord()

从此Sequence实例创建SeqRecord对象。

seqrecord.annotations词典的包装方式如下：：

{ # Sequence attributes with no SeqRecord equivalent:
  'id_ref': self.id_ref,
  'id_source': self.id_source,
  'location': self.location,
  'uri': { 'value': self.uri.value,
                  'desc': self.uri.desc,
                  'type': self.uri.type },
  # Sequence.annotations attribute (list of Annotations)
  'annotations': [{'ref': ann.ref,
                   'source': ann.source,
                   'evidence': ann.evidence,
                   'type': ann.type,
                   'confidence': [ann.confidence.value,
                                  ann.confidence.type],
                   'properties': [{'value': prop.value,
                                    'ref': prop.ref,
                                    'applies_to': prop.applies_to,
                                    'datatype': prop.datatype,
                                    'unit': prop.unit,
                                    'id_ref': prop.id_ref}
                                   for prop in ann.properties],
                  } for ann in self.annotations],
}

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1063

__static_attributes__ = ('accession', 'annotations', 'domain_architecture', 'id_ref', 'id_source', 'location', 'mol_seq', 'name', 'other', 'symbol', 'type', 'uri')

class Bio.Phylo.PhyloXML.SequenceRelation(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None)

基类：PhyloElement

表达两个序列之间的类型化关系。

例如，这可以用于描述矫形术（在这种情况下，属性“类型”是“矫形术”）。

参数:

id_ref_0ID: 第一序列参考标识符
id_ref_1ID: 第二序列参考标识符
距离浮子: 两个序列之间的距离
类型限制字符串: 描述关系类型
信心信心: 此关系的置信度值

ok_type = {'one_to_one_orthology', 'orthology', 'other', 'paralogy', 'super_orthology', 'ultra_paralogy', 'unknown', 'xenology'}

__init__(type, id_ref_0, id_ref_1, distance=None, confidence=None): 初始化课程。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1295

__static_attributes__ = ('confidence', 'distance', 'id_ref_0', 'id_ref_1', 'type')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Taxonomy(id_source=None, id=None, code=None, scientific_name=None, authority=None, rank=None, uri=None, common_names=None, synonyms=None, other=None)

基类：PhyloElement

描述一个分支的分类信息。

参数:

id_sourceID: 将其他元素链接到分类法（在HTML级别）
IDID: 分类单元的唯一标识符，例如加州海兔的Id（' 6500 '，provider =' ncbi_taxonomy '）
代码限制字符串: 存储UniProt/Swiss-Prot风格的生物体代码，例如加州海兔“APLCA”的“APLCA”
scientific_name字符串: 这种生物的标准学名，例如加州海兔的“Assisia calfornica”
权威字符串: 保持权威，例如' J. G库珀，1863年”，与“科学名称”相关
common_names字符串列表: 这种生物体的常用名称
同义词字符串列表: 这个分类群的同义词？
秩限制字符串: 分类等级
URIURI: 链路
其他其他对象列表: 非可重写的HTML元素

re_code = re.compile('[a-zA-Z0-9_]{2,10}')

ok_rank = {'branch', 'class', 'cohort', 'cultivar', 'division', 'domain', 'family', 'form', 'genus', 'infraclass', 'infracohort', 'infradivision', 'infrakingdom', 'infralegion', 'infraphylum', 'infratribe', 'kingdom', 'legion', 'microphylum', 'order', 'other', 'phylum', 'species', 'subclass', 'subcohort', 'subdivision', 'subfamily', 'subform', 'subgenus', 'subkingdom', 'sublegion', 'suborder', 'subphylum', 'subspecies', 'subtribe', 'subvariety', 'superclass', 'supercohort', 'superdivision', 'superfamily', 'superlegion', 'superorder', 'superphylum', 'superspecies', 'supertribe', 'tribe', 'unknown', 'variety'}

__init__(id_source=None, id=None, code=None, scientific_name=None, authority=None, rank=None, uri=None, common_names=None, synonyms=None, other=None): 初始化课程。

__str__(): 显示类别名称和标识属性。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1336

__static_attributes__ = ('authority', 'code', 'common_names', 'id', 'id_source', 'other', 'rank', 'scientific_name', 'synonyms', 'uri')

class Bio.Phylo.PhyloXML.Uri(value, desc=None, type=None)

基类：PhyloElement

统一资源标识符。

一般来说，这应该是一个URL（例如，链接到网站上的图像，在这种情况下， type 属性可能是“图像”， desc 可能是“加州海兔的图像”）。

__init__(value, desc=None, type=None): 初始化课程。

__str__(): 返回Uri的字符串表示形式。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1462

__static_attributes__ = ('desc', 'type', 'value')