Bio.Phylo. Base Tree模块

Bio.Phylo对象的基类。

系统发生树的所有对象表示都应该从这些基本类派生出来，以便使用在它们上定义的常用方法。

class Bio.Phylo.BaseTree.TreeElement

基类：object

所有Bio.Phylo类的基本类。

__repr__() → str: 显示此对象的构造函数及其原始参数。

__str__() → str: 返回url（self）。

__firstlineno__ = 233

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.BaseTree.TreeMixin

基类：object

基于树和分支的类的方法。

这让 Tree 和 Clade 支持相同的穿越和搜索操作，而不需要Clade从Tree继承，因此Clade不需要具有Tree的所有属性--只是 root （Clade实例）和 is_terminal .

find_any(*args, **kwargs)

返回通过Find_elements（）找到的第一个元素，或无。

这对于检查树中是否存在任何匹配元素也很有用，并且可以在条件表达中使用。

find_elements(target=None, terminal=None, order='preorder', **kwargs)

查找与给定属性匹配的所有树元素。

任意关键字参数指示子元素的属性名称和要匹配的值：string、integer或boolean。字符串作为正则表达式匹配进行计算;整数直接比较是否相等，布尔值在比较之前计算属性的真值（True或False）。要处理非零浮点数，使用布尔参数搜索，然后手动过滤结果。

如果没有给出关键字参数，则仅使用类类型进行匹配。

通过深度优先搜索，结果可以迭代所有匹配对象。(Not必须与源文件中元素出现的顺序相同！）

参数:

目标TreeElement实例、类型、dict或可调用: 指定要搜索的特征。(The默认为TreeElement，匹配任何标准Bio.Phylo类型。）
终端bool: 用于选择或反对终端节点的布尔值（又名叶节点）。True仅搜索终端节点，False排除终端节点，默认值“无”同时搜索终端和非终端节点，以及缺乏 is_terminal 法
秩序“预购”、“后序”、“级别”}: 树穿越顺序：'preorder'（默认）是深度优先搜索，'postorder'是DFS，子节点在父节点之前，'level'是广度优先搜索。

示例

>>> from Bio import Phylo
>>> phx = Phylo.PhyloXMLIO.read('PhyloXML/phyloxml_examples.xml')
>>> matches = phx.phylogenies[5].find_elements(code='OCTVU')
>>> next(matches)
Taxonomy(code='OCTVU', scientific_name='Octopus vulgaris')

find_clades(target=None, terminal=None, order='preorder', **kwargs)

查找包含匹配元素的每个进化枝。

也就是说，像Find_elements（）一样查找每个元素，但返回相应的分支对象。(This通常是您想要的。）

返回:: 一个迭代所有匹配对象的可迭代对象，默认情况下搜索深度优先（预排序）。

get_path(target=None, **kwargs)

列出直接位于此根和给定目标之间的分支。

返回:: 沿着此路径的所有分支对象的列表，以给定目标结束，但不包括根分支。

get_nonterminals(order='preorder'): 获取此树的所有非终结（内部）节点的列表。

get_terminals(order='preorder'): 获取此树所有终端（叶）节点的列表。

trace(start, finish)

此树中两个目标之间的所有进化枝对象的列表。

不包括 start ，包括 finish .

common_ancestor(targets, *more_targets)

所有给定目标的最近共同祖先（进化枝）。

边缘案例：

如果没有指定目标，则返回self.root
如果给出1个目标，则返回目标
如果在此树中未找到任何目标，则引发ValueError

count_terminals(): 计算此树中的终端（叶）节点的数量。

depths(unit_branch_lengths=False)

创建树木分支到深度的映射（按树枝长度）。

参数:

unit_branch_lengthsbool: 如果为True，则仅计算分支的数量（树中的级别）。默认情况下，距离是通向进化枝的累积分支长度。

返回:

{进化枝：depth}，其中键是树中的所有Clade实例，值是从根到每个Clade（包括终端）的距离。

distance(target1, target2=None)

计算两个目标之间的分支长度之和。

如果仅指定了一个目标，则另一个目标就是此树的根。

is_bifurcating()

如果节点下游的树严格分叉，则返回True。

即，所有节点都有2个或0个子节点（分别是内部或外部）。根可能有3个后代，并且仍然被认为是分叉树的一部分，因为它没有祖先。

is_monophyletic(terminals, *more_terminals)

如果终端构成完整的亚进化分支，则对终端进行MRCA，或者为假。

即，存在一个分支，其终端与给定目标相同。

给定的目标必须是树的终端。

为了匹配两者 Bio.Nexus.Trees 以及Bio.Phylo中的其他多目标方法，该方法的参数可以通过两种方式之一指定：（i）作为单个目标列表，或（ii）单独指定的目标，例如is_monophyletic（t1，t2，t3）--但不能两者兼而有之。

为了方便起见，如果目标是单系性的，则此方法返回目标的共同祖先（MCRA）（而不是值True），否则返回False。

返回:: 如果终末是单系的，则为共同祖先，否则为假。

is_parent_of(target=None, **kwargs)

检查目标是否是此树的后代。

不需要是直系后裔。

要仅检查分支的直接后代，只需使用列表成员资格测试即可： if subclade in clade: ...

is_preterminal(): 检查所有直系后代是否都是终端。

total_branch_length(): 计算此树中所有分支长度的总和。

collapse(target=None, **kwargs)

从树中删除目标，将其子级重新链接到其父级。

返回:: 父母进化枝。

collapse_all(target=None, **kwargs)

折叠这棵树的所有后代，只留下终端。

总分支长度被保留，即到每个终端的距离保持相同。

例如，这将安全地折叠引导支持较差的节点：

>>> from Bio import Phylo
>>> tree = Phylo.read('PhyloXML/apaf.xml', 'phyloxml')
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 20.44
>>> tree.collapse_all(lambda c: c.confidence is not None and c.confidence < 70)
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 21.37

此实现通过使用级别顺序穿越并提前测试所有分支属性（相对于目标规范）来避免奇怪的副作用。特别是，如果一个进化枝满足原始树中的目标规范，则它将被折叠。例如，如果条件是：

>>> from Bio import Phylo
>>> tree = Phylo.read('PhyloXML/apaf.xml', 'phyloxml')
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 20.44
>>> tree.collapse_all(lambda c: c.branch_length < 0.1)
>>> print("Total branch length %0.2f" % tree.total_branch_length())
Total branch length 21.13

折叠进化枝的父节点会将父节点的分支长度添加到子节点，因此在执行collapse_all期间，进化枝的分支长度可能会增加。在此实现中，分支根据其在原始树中的属性而不是树穿越到达分支时的属性折叠。(It更容易调试。）如果您想要其他行为（增量测试），修改此函数的源代码很简单。

ladderize(reverse=False)

根据终端节点的数量对分支进行就地排序。

默认情况下，最深的分支位于最后。使用 reverse=True 从最深到最浅对分支进行排序。

prune(target=None, **kwargs)

从树上嫁接出末端进化枝。

如果该分类群来自分叉，则连接节点将折叠，并将其分支长度添加到剩余的末端节点上。这可能不再是一个有意义的价值。

返回:: 修剪目标的亲枝

split(n=2, branch_length=1.0)

生成n个（默认2）个新后代。

在物种树中，这是一个物种形成事件。

新分支具有给定的branch_size和与该分支的根相同的名称加上一个integer后缀（从0开始计数）。例如，分裂名为“A”的进化枝会产生名为“A0”和“A1”的子进化枝。如果分支没有名称，则将前置“n”用于子节点，例如“n0”和“n1”。

__firstlineno__ = 258

__static_attributes__ = ('root',)

class Bio.Phylo.BaseTree.Tree(root=None, rooted=True, id=None, name=None)

基类：TreeElement, TreeMixin

系统发生树，包含系统发生的全球信息。

结构和特定于节点的数据可以通过附加到Tree实例的“根”分支访问。

参数:

根进化枝: 树的开始节点。如果树是根节点，那么这通常是根节点。
植根bool: 树是否扎根。默认情况下，假设树是根的。
IDstr: 树的标识符（如果有的话）。
名称str: 树的名字，本质上是一个标签。

__init__(root=None, rooted=True, id=None, name=None): 初始化系统发生树的参数。

classmethod from_clade(clade, **kwargs)

在给定进化枝的情况下创建一个新的Tree对象。

关键词争论很常见 Tree 构造函数参数。

classmethod randomized(taxa, branch_length=1.0, branch_stdev=None)

在给出分类群列表的情况下创建随机分叉树。

参数:: taxa -- 指定要创建的分类单元数量的一个整数（自动命名为taxon#），或者是分类单元名称的可迭代对象，作为字符串。
返回:: 与此类类型相同的树。

property clade: 返回此树中的第一个进化枝（而不是其本身）。

as_phyloxml(**kwargs)

将此树转换为与PhylloML兼容的系统发育。

这使您可以使用PhyloML定义的其他注释类型，并在将此树编写为“phylloxml”时保存此信息。

root_with_outgroup(outgroup_targets, *more_targets, outgroup_branch_length=None)

使用包含outgroup_targets的outgroup进化枝重新执行此树。

就地操作。

边缘案例：

如果 outgroup == self.root ，没有变化
如果外组是终端，则创建新的分支根节点，该分支具有到外组的长度为0的分支
如果outgroup是内部的，则使用给定的outgroup节点作为新的三叉根，保持分支相同
如果原始的根分叉，请将其从树上掉下来，保留总树枝长度

参数:: outgroup_branch_length -- 重新生根后通向外群的分支长度。如果未指定（无），那么：-如果外群是内部节点（而不是单个末端分类单元），然后使用该节点作为新根。- 否则，创建一个新的根节点作为外组的父节点。

root_at_midpoint()

在两个最远分类群的中点处扎根。

这在原地运作，留下了分叉的根。否则树的布局会被保留，尽管不保证进化枝/节点/分类单元排序的稳定性。

is_terminal(): 检查此树的根是否是终端。

__format__(format_spec)

将树序列化为指定文件格式的字符串。

该方法支持Python的 format 内置功能。

参数:: format_spec -- 由以下支持的大小写字符串 Bio.Phylo.write 作为输出文件格式。

format(fmt=None)

将树序列化为指定文件格式的字符串。

参数:: fmt -- 由以下支持的大小写字符串 Bio.Phylo.write 作为输出文件格式。

__str__() → str

返回整个树的字符串表示形式。

使用以下方式将每个子进化枝序列化 repr 创建对象结构的摘要。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 719

__static_attributes__ = ('id', 'name', 'root', 'rooted')

class Bio.Phylo.BaseTree.Clade(branch_length=None, name=None, clades=None, confidence=None, color=None, width=None)

基类：TreeElement, TreeMixin

一个循环定义的子树。

参数:

branch_lengthstr: 通向该分支根节的分支长度。
名称str: 进化枝的名称（标签）。
进化枝列表: 子树直接扎根在这棵树的根部下方。
信心number: 支持.
颜色BranchColor: 分支和后代的显示颜色。
宽度number: 分支和后代的显示宽度。

__init__(branch_length=None, name=None, clades=None, confidence=None, color=None, width=None): 定义Clade树的参数。

property root: 允许TreeMixin方法正确遍历clades。

is_terminal(): 检查这是否是一个终端（叶）节点。

__getitem__(index): 通过索引（整数或切片）获取进化枝。

__iter__(): 迭代这棵树的直接后代分支（子树）。

__len__(): 返回根下直接的分支数量。

__bool__()

此类实例的布尔值（True）。

注意：如果此方法未定义，但 __len__ 是，那么如果结果为真，则该对象被认为是真 __len__() 是非零的。我们希望Clade实例始终被视为True。

__str__() → str: 返回类实例的名称。

property color: 树枝颜色。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 1012

__static_attributes__ = ('_color', 'branch_length', 'clades', 'color', 'confidence', 'name', 'width')

class Bio.Phylo.BaseTree.BranchColor(red, green, blue)

基类：object

指示图形渲染时进化枝的颜色。

客户端代码（例如可视化程序）应将颜色解释为适用于整个进化枝，除非被子进化枝的颜色覆盖。

颜色值必须是0到255之间的整数。

color_names = {'aqua': (0, 255, 255), 'b': (0, 0, 255), 'black': (0, 0, 0), 'blue': (0, 0, 255), 'brown': (165, 42, 42), 'c': (0, 255, 255), 'cyan': (0, 255, 255), 'fuchsia': (255, 0, 255), 'g': (0, 128, 0), 'gold': (255, 215, 0), 'gray': (128, 128, 128), 'green': (0, 128, 0), 'grey': (128, 128, 128), 'k': (0, 0, 0), 'lime': (0, 255, 0), 'm': (255, 0, 255), 'magenta': (255, 0, 255), 'maroon': (128, 0, 0), 'navy': (0, 0, 128), 'olive': (128, 128, 0), 'orange': (255, 165, 0), 'pink': (255, 192, 203), 'purple': (128, 0, 128), 'r': (255, 0, 0), 'red': (255, 0, 0), 'salmon': (250, 128, 114), 'silver': (192, 192, 192), 'tan': (210, 180, 140), 'teal': (0, 128, 128), 'w': (255, 255, 255), 'white': (255, 255, 255), 'y': (255, 255, 0), 'yellow': (255, 255, 0)}

__init__(red, green, blue): 初始化树的BranchColor。

classmethod from_hex(hexstr)

从十六进制字符串构造BranchColor对象。

字符串格式与HTML和CSS中使用的样式相同，例如RGB值为（255，128，0）的“#FF8000”。

classmethod from_name(colorname): 通过颜色的名称构造BranchColor对象。

to_hex()

返回此颜色的24位十六进制GB表示形式。

返回的字符串适合在HTML/CSS中使用，用作matplotlib中的颜色参数，也许还有其他情况。

示例

>>> bc = BranchColor(12, 200, 100)
>>> bc.to_hex()
'#0cc864'

to_rgb()

返回表示此颜色的Ruby值（0到255）的多元组。

示例

>>> bc = BranchColor(255, 165, 0)
>>> bc.to_rgb()
(255, 165, 0)

__repr__() → str: 表示此对象时保留标准的RB顺序。

__firstlineno__ = 1116

__static_attributes__ = ('blue', 'green', 'red')

__str__() → str: 显示颜色的Ruby值。