Bio.Phylo.PAML.yn00模块

支持yn 00的课程。

Yang和Nielsen 2000，在蛋白质编码DNA序列的成对比较中估计同义和非同义取代率。

exception Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00Error

基类：OSError

yn 00失败。使用verbose=True运行以查看yn 00的错误消息。

__firstlineno__ = 20

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PAML.yn00.Yn00(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

yn 00的接口，PAML包的一部分。

__init__(alignment=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化Yn 00实例。

用户可以选择性地传递字符串，指定输入对齐、工作目录和最终输出文件的位置。

write_ctl_file()

从选项动态构建yn 00控制文件。

控制文件被写入yn 00类的ctl_file属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到yn 00实例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='yn00', parse=True)

使用当前配置运行yn 00。

如果parse为True，则读取并返回结果，否则返回无。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 24

__static_attributes__ = ('_options', 'alignment', 'ctl_file', 'out_file')

Bio.Phylo.PAML.yn00.read(results_file)

解析yn 00结果文件。