Bio.Phylo.PAML.Codeml模块

支持CODEML的课程。

使用密码子替换模型的最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.codeml.CodemlError

基类：OSError

CODEML失败。使用verbose=True运行以查看CODEML的错误消息。

__firstlineno__ = 19

__static_attributes__ = ()

class Bio.Phylo.PAML.codeml.Codeml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

CODEML的接口，是PAML包的一部分。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化Codeml实例。

用户可以选择性地传入指定输入对齐和树文件、工作目录和最终输出文件的位置的字符串。CODEML控件中找到的其他选项默认具有典型设置，可以在核苷比对上运行站点类模型0、1和2。

write_ctl_file()

从选项动态构建CODEML控制文件。

控制文件被写入Codeml类的ctl_file属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到Codeml实例中。

print_options()

打印出所有选项及其当前设置。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='codeml', parse=True)

使用当前配置运行Codeml。

如果parse为True，则读取并返回结果，否则返回无。

参数可以作为绝对路径或相对路径传递，尽管CODEML需要相对路径。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 23

__static_attributes__ = ('_options', '_rel_tree', 'alignment', 'ctl_file', 'out_file', 'tree')

Bio.Phylo.PAML.codeml.read(results_file)

解析CODEML结果文件。