Bio.Phylo. PhyloXLIO模块

PhyloXML阅读器/解析器、编写器和相关函数。

从已分析的PhyloXML文件实例化树元素，并从 Bio.Phylo.PhyloXML object.

关于资本化：

• Deliverable HTML意味着文件格式规范

• PhyloML意味着Biopython模块 Bio.Phylo.PhyloXML 及其类别

• Phyloxml意味着使用的顶级类 PhyloXMLIO.read (but不 Bio.Phylo.read !),包含系统发育列表（源自 BaseTree.Tree )

exception Bio.Phylo.PhyloXMLIO.PhyloXMLError

基类：Exception

PhyloML对象构造无法继续时引发异常。

基础ElementTree模块将发现并引发XML语法错误;此异常适用于违反XML规范的有效XML。

__firstlineno__ = 39

__static_attributes__ = ()

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.read(file)

解析Deliverable HTML文件或流并构建Biopython对象树。

根节点的子节点是子系统，也可能是其他任意（非子系统）对象。

返回:

单个 Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml object.

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.parse(file)

迭代MIDI HTML文件中的系统发生树。

这会忽略存储在顶层的任何额外数据，但可能比 read 功能

返回:

的发生器 Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 对象

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.write(obj, file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

编写一个可重写的HTML文件。

参数:

obj

的实例 Phyloxml , Phylogeny 或 BaseTree.Tree ，或者后两者之一的迭代对象。该对象将在序列化之前转换为Phyloxml对象。

文件

打开的手柄或文件名。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser(file)

基类：object

从XML流中解析所有XML节点的方法。

为了最大限度地减少内存使用，在完成每个分支、进化枝和顶级“其他”元素后，ElementTree解析事件树将被清除。进化枝级别以下的元素将保留在内存中，直到当前进化枝的解析完成--这应该不会有问题，因为进化枝是唯一的递归元素，而该级别以下的非进化枝节点大小有限。

__init__(file)

初始化课程。

read()

解析Deliverable HTML文件并创建一个Phyloxml对象。

parse()

增量地解析Deliverable HTML文件并返回每个谱系。

other(elem, namespace, localtag)

创建一个Other对象，一个非Inbox的HTML元素。

accession(elem)

创建加入对象。

annotation(elem)

创建注释对象。

binary_characters(elem)

创建二进制字符对象。

clade_relation(elem)

创建进化枝关系对象。

color(elem)

创建分支颜色对象。

confidence(elem)

创建信心对象。

date(elem)

创建日期对象。

distribution(elem)

创建地理分布对象。

domain(elem)

创建蛋白质域对象。

domain_architecture(elem)

创建域架构对象。

events(elem)

创建events对象。

id(elem)

创建标识符对象。

mol_seq(elem)

创建分子序列对象。

point(elem)

创建点对象、点的坐标。

polygon(elem)

创建多边形对象、点列表。

property(elem)

从外部资源创建属性。

reference(elem)

创建文献参考对象。

sequence_relation(elem)

创建序列关系对象，两个序列之间的关系。

uri(elem)

创建uri对象，预计是url。

__firstlineno__ = 263

__static_attributes__ = ('context', 'root')

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer(phyloxml)

基类：object

将PhyloXML对象序列化为XML的方法。

__init__(phyloxml)

从PhyloXML对象构建ElementTree。

write(file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

将PhyloML写入文件。

phyloxml(obj)

将phyloxml转换为Etree元素。

other(obj)

将其他转换为Etree元素。

phylogeny(obj)

按顺序序列化谱系及其子节点。

clade(obj)

按顺序序列化进化枝及其子节点。

accession(obj)

按顺序序列化访问及其子节点。

annotation(obj)

按顺序序列化注释及其子节点。

binary_characters(obj)

序列化binary_characters节点及其子节点。

clade_relation(obj)

按顺序序列化clade_relation及其子节点。

color(obj)

按顺序序列化颜色及其子节点。

confidence(obj)

按顺序序列化置信度及其子节点。

date(obj)

按顺序序列化日期及其子节点。

distribution(obj)

按顺序序列化分发及其子节点。

domain(obj)

序列化域节点。

domain_architecture(obj)

按顺序序列化域_架构及其子节点。

events(obj)

按顺序序列化事件及其子节点。

id(obj)

按顺序序列化id及其子节点。

mol_seq(obj)

按顺序序列化mo_seq及其子节点。

node_id(obj)

按顺序序列化note_id及其子节点。

point(obj)

按顺序序列化点及其子节点。

polygon(obj)

按顺序序列化多边形及其子节点。

property(obj)

按顺序序列化属性及其子节点。

reference(obj)

按顺序序列化引用及其子节点。

sequence(obj)

按顺序序列化序列化序列及其子节点。

sequence_relation(obj)

按顺序序列化order_relation及其子节点。

taxonomy(obj)

按顺序序列化分类法及其子节点。

uri(obj)

按顺序序列化uri及其子节点。

alt(obj)

序列化一个简单的alt节点。

branch_length(obj)

序列化一个简单的branch_size节点。

lat(obj)

序列化一个简单的lat节点。

long(obj)

序列化一个简单的长节点。

maximum(obj)

序列化简单的最大值节点。

minimum(obj)

序列化一个简单的最小节点。

value(obj)

序列化简单的值节点。

width(obj)

序列化简单的宽度节点。

blue(obj)

序列化一个简单的蓝色节点。

duplications(obj)

序列化简单的重复节点。

green(obj)

序列化一个简单的绿色节点。

losses(obj)

序列化简单的损失节点。

red(obj)

序列化一个简单的红色节点。

speciations(obj)

序列化一个简单的物种节点。

bc(obj)

序列化一个简单的BC节点。

code(obj)

序列化简单的代码节点。

common_name(obj)

序列化一个简单的common_Name节点。

desc(obj)

序列化一个简单的描述节点。

description(obj)

序列化简单的描述节点。

location(obj)

序列化简单位置节点。

name(obj)

序列化简单名称节点。

rank(obj)

序列化简单的排名节点。

scientific_name(obj)

序列化一个简单的sciencial_list节点。

symbol(obj)

序列化简单的符号节点。

synonym(obj)

序列化简单同义词节点。

type(obj)

序列化简单类型节点。

__firstlineno__ = 710

__static_attributes__ = ('_tree',)