Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab模块

HMMER表输出格式的Bio.SearchIO解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabParser(handle)

基类：object

HMMER表格式的解析器。

__init__(handle)

初始化课程。

__iter__()

在Hmmer 3TabParser上迭代，产生查询结果。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 19

__static_attributes__ = ('handle', 'line')

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabIndexer(filename, **kwargs)

基类：SearchIndexer

HMMER表输出的索引器类。

__iter__()

迭代文件手柄;产生关键字、开始偏差和长度。

get_raw(offset)

从给定的偏置量返回CredyResponse对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 145

__static_attributes__ = ()

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer3_tab.Hmmer3TabWriter(handle)

基类：object

hmmer 3-tab输出格式的编写器。

__init__(handle)

初始化课程。

write_file(qresults)

写入手柄。

返回一个元组，其中包含写入的QueryResult、Hit和HSP对象的数量。

__firstlineno__ = 217

__static_attributes__ = ('handle',)