Bio.Align.表格模块

Bio。调整对来自AMPS或FASTA的表格输出的支持。

该模块包含一个解析器，用于使用“-outfdt 7”参数运行的BST的表格输出，以及使用“-m 8 CB”或“-m 8 CC”参数的William Pearson的FASTA对齐工具的表格输出。

class Bio.Align.tabular.State(*values)

基类：Enum

枚举分析BTOP字符串时所需的对齐状态。

MATCH = 1

QUERY_GAP = 2

TARGET_GAP = 3

NONE = 4

class Bio.Align.tabular.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

用于来自AMPS或FASTA的表格输出的对齐迭代器。

用于从使用“-outfdt 7”参数运行的BST生成的表格输出以及使用“-m 8 CB”或“-m 8 CC”输出格式的William Pearson的FASTA对齐程序生成的表格输出中读取（成对）对齐。

fmt: str | None = 'Tabular'

parse_btop(btop)

解析BTop字符串并返回对齐坐标。

BST使用B托普（Blast回溯操作）字符串来描述序列比对。

parse_cigar(cigar)

解析CIGAR字符串并返回对齐坐标。

由Sam Sequence比对/Map格式定义的CIGAR字符串将序列比对描述为一系列长度和操作（比对/插入/删除）代码。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 34

__static_attributes__ = ('_fields', '_final_prefix', '_query_description', '_query_id', '_query_size', 'metadata')