Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml模块
Bio.SearchIO解析器，用于BST + ML输出格式。
- class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlParser(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)
基类：
object用于AMPS HTML格式的解析器。
- __init__(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)
初始化课程。
- __iter__()
迭代BlastXpress Parser对象会产生查询结果。
- __firstlineno__ = 232
- __static_attributes__ = ('_fallback', '_meta', '_use_raw_hit_ids', '_use_raw_query_ids', 'xml_iter')
- class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer(filename, **kwargs)
基类：
SearchIndexer用于AMPS HTML输出的索引器类。
- qstart_mark = b'<Iteration>'
- qend_mark = b'</Iteration>'
- block_size = 16384
- __init__(filename, **kwargs)
初始化课程。
- __iter__()
在BlastXpress Indexer上迭代会产生qstart_id、start_odge、块的长度。
- get_raw(offset)
将文件中的原始记录作为字节字符串返回。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 554
- __static_attributes__ = ('_fallback', '_meta')
- class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)
基类：
object基于流的BST + HTML编写器。
- __init__(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)
初始化课程。
- write_file(qresults)
将ML内容写入输出柄。
- __firstlineno__ = 748
- __static_attributes__ = ('_use_raw_hit_ids', '_use_raw_query_ids', 'frag_counter', 'hit_counter', 'hsp_counter', 'qresult_counter', 'xml')