Bio.SeqIO.PhdIO模块
Bio.SeqIO支持“phd”文件格式。
PHD文件由PHRED输出，并由PHRAP和CONMED使用。
您需要通过Bio.SeqIO函数以格式名称“phd”使用此模块。另请参阅基础的Bio.Sequencing.Phd模块。
例如，使用Bio.SeqIO，我们可以从Biopython单元测试中读取其中一个示例PHRED文件：
>>> from Bio import SeqIO
>>> for record in SeqIO.parse("Phd/phd1", "phd"):
... print(record.id)
... print("%s..." % record.seq[:10])
... print("%s..." % record.letter_annotations["phred_quality"][:10])
34_222_(80-A03-19).b.ab1
ctccgtcgga...
[9, 9, 10, 19, 22, 37, 28, 28, 24, 22]...
425_103_(81-A03-19).g.ab1
cgggatccca...
[14, 17, 22, 10, 10, 10, 15, 8, 8, 9]...
425_7_(71-A03-19).b.ab1
acataaatca...
[10, 10, 10, 10, 8, 8, 6, 6, 6, 6]...
由于PHRED文件包含质量分数，因此您可以将它们保存为FASTQ或QUAL文件，例如使用Bio.SeqIO. writer（.），或者简单地使用SeqRecord对象的格式方法：
>>> print(record[:50].format("fastq"))
@425_7_(71-A03-19).b.ab1
acataaatcaaattactnaccaacacacaaaccngtctcgcgtagtggag
+
++++))'''')(''')$!$''')''''(+.''$!$))))+)))'''''''
或者，
>>> print(record[:50].format("qual"))
>425_7_(71-A03-19).b.ab1
10 10 10 10 8 8 6 6 6 6 8 7 6 6 6 8 3 0 3 6 6 6 8 6 6 6 6 7
10 13 6 6 3 0 3 8 8 8 8 10 8 8 8 6 6 6 6 6 6 6
请注意，这些示例仅显示前50个碱基，以保持输出较短。
- class Bio.SeqIO.PhdIO.PhdIterator(source: IO[str] | PathLike | str | bytes)
-
PHD文件的解析器。
- modes = 't'
- __init__(source: IO[str] | PathLike | str | bytes) None
从PHD文件返回SeqRecord对象。
- 论点：
源-以文本模式打开的输入流，或文件的路径
这使用Bio.Sequencing.Phd模块来完成艰苦的工作。
- __next__()
返回下一个SeqRecord。
此方法必须由子类实现。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 67
- __parameters__ = ()
- __static_attributes__ = ()