Bio.KEGG.KGML.KGML_路径模块
表示KGML路径图的类。
KGML定义自KGML v0.7.2发布（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 职业：
路径-指定路径地图的图形信息
关系-指定两种蛋白质或KO或蛋白质和化合物之间的关系。在某些情况下，这种关系有一个隐含的方向。
反应--物质和产品之间的特定化学反应。
条目-路径图中的一个节点
图形-描述其视觉表示的条目子元素
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway
基类：
object代表来自KEGG的KGML途径。
指定路径地图的图形信息，如KGML v0.7.2版本中所述（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 属性：
name -路径图的KEGGID
org - ko/ec/ [org prefix]
number -地图号（integer）
标题-地图标题
Image -路径图像地图的URL
link -有关路径的信息的URL
entries -路径中条目的字典，按节点ID键入
反应-途径中的一组反应
名称属性具有受限制的格式，因此我们将其作为属性并强制执行格式。
Pathway对象是添加/删除Entry、Reaction或Relation元素的唯一允许的路径。
收件箱保存在字典中，并由路径图的节点ID键控-这允许通过反应/关系等元素随时访问。 必须在被任何其他元素引用之前添加别名。
反应保存在字典中，由路径的节点ID键控。反应中引用的元素必须添加在反应本身之前。
- __init__()
初始化课程。
- get_KGML()
以修饰KGML格式的字符串形式返回路径。
- add_entry(entry)
向路径添加Entry元素。
- remove_entry(entry)
从路径中删除Entry元素。
- add_reaction(reaction)
向路径添加反应元素。
- remove_reaction(reaction)
从路径中删除反应元素。
- add_relation(relation)
将Relation元素添加到路径中。
- remove_relation(relation)
从路径中删除Relation元素。
- __str__()
返回可读的摘要描述字符串。
- property name
路径地图的KEGDID。
- property number
KEGG地图编号。
- property compounds
获取compound类型的条目列表。
- property maps
获取类型map的条目列表。
- property orthologs
获取正向变体类型条目的列表。
- property genes
获取基因类型条目列表。
- property reactions
获取途径中的反应列表。
- property reaction_entries
路径中每个反应对应的条目列表。
- property relations
获取路径中的关系列表。
- property element
将Pathway作为有效的KGML元素返回。
- property bounds
协调路径中所有图形元素的边界。
返回 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 路径中所有图形元素的坐标
- __firstlineno__ = 32
- __static_attributes__ = ('_name', '_number', '_reactions', '_relations', 'entries', 'image', 'link', 'org', 'title')
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry
基类：
object代表来自KGML的条目。
每个Entry元素都是路径图中的一个节点，如KGML v0.7.2版本中所述（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 属性：
id -路径地图中条目的ID（integer）
names -条目的KEGG ID列表
类型-条目的类型
link -有关条目的信息的URL
反应-相应反应的KEGG ID列表（integer）
图形- 描述条目视觉表示的图形对象列表
组件-此条目的组件节点ID列表（“组”）
alt -参赛作品的替代名称列表
注：alt属性代表KGML文件中的基片和产品元素的子元素
- __init__()
初始化课程。
- __str__()
返回可读的描述性字符串。
- add_component(element)
向条目添加元素。
如果条目已经是路径的一部分，请确保组件已经存在。
- remove_component(value)
从组中删除具有传递ID的条目。
- add_graphics(entry)
添加图形条目。
- remove_graphics(entry)
从组中删除具有传递ID的图形条目。
- property name
该条目的KEGG标识符列表。
- property reaction
此条目的反应KEGG ID列表。
- property id
条目的路径图节点ID。
- property element
将entry作为有效的KGML元素返回。
- property bounds
协调条目中所有图形元素的边界。
返回 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] 入口图形元素的坐标。
- property is_reactant
如果此条目参与其父路径中的任何反应，则返回true。
- __firstlineno__ = 259
- __static_attributes__ = ('_id', '_names', '_pathway', '_reactions', 'alt', 'components', 'graphics', 'image', 'link', 'type')
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component(parent)
基类：
object用于表示复杂节点的Entry子元素。
Entry元素的子元素，当Entry是复杂节点时使用，如KGML v0.7.2版本中所述（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
该组件充当一个集合（类型为“group”，通常是其自己的图形子元素），只有一个ID。
- __init__(parent)
初始化课程。
- property id
条目的路径图节点ID
- property element
将组件作为有效的KGML元素返回。
- __firstlineno__ = 419
- __static_attributes__ = ('_id', '_parent')
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics(parent)
基类：
object用于表示视觉表示的Entry子元素。
Entry的子元素，指定其视觉表示形式，如KGML v0.7.2版本中所述（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 属性：
名称 图形对象的标签
X 对象的X轴位置（int）
y 对象的Y轴位置（int）
coords 格式坐标，（int，int）二元组列表
类型 对象形状
宽度 对象宽度（int）
高度 对象高度（int）
fgcolor 对象前景色（十六进制GB）
bgcolor 对象背景色（十六进制GB）
某些属性仅适用于特定图形类型。 例如，线类型（通常）没有宽度。我们允许非td属性和属性设置，例如
dash int列表，描述破折号的开/关模式
- __init__(parent)
初始化课程。
- property x
图形元素的X坐标。
- property y
图形元素的Y坐标。
- property width
图形元素的宽度。
- property height
图形元素的高度。
- property coords
图形元素的多段线坐标。
- property fgcolor
前景颜色。
- property bgcolor
背景颜色。
- property element
将图形作为有效的KGML元素返回。
- property bounds
图形元素的坐标边界。
将图形对象的边界作为 [(xmin, ymin), (xmax, ymax)] tuple。 坐标给出了圆、矩形、圆角元素的中心，因此我们必须调整相关的宽度/高度。
- property centre
将图形对象的中心返回为（x，y）数组。
- __firstlineno__ = 457
- __static_attributes__ = ('_bgcolor', '_coords', '_fgcolor', '_height', '_parent', '_width', '_x', '_y', 'bgcolor', 'fgcolor', 'name', 'type')
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction
基类：
object与物质和产物的特定化学反应。
这描述了一种或多种物质与一种或多种产物之间的特定化学反应。
- 属性：
ID 条目的路径图节点ID
名字 REACTION数据库中的KEGG标识符列表
类型 字符串：可逆或不可逆
基板 基片的进入对象
产品 产品参赛对象
- __init__()
初始化课程。
- __str__()
返回人类可读的信息性字符串。
- add_substrate(substrate_id)
将通过其节点ID识别的底物添加到反应中。
- add_product(product_id)
将由其节点ID标识的产品添加到反应中。
- property id
反应的节点ID。
- property name
反应的KEGG标识符列表。
- property substrates
返回基片入口元素列表。
- property products
产品条目元素的返回列表。
- property entry
返回与此反应对应的条目。
- property reactant_ids
返回原料和产品反应物ID列表。
- property element
返回描述反应的KGML元素。
- __firstlineno__ = 653
- __static_attributes__ = ('_id', '_names', '_pathway', '_products', '_substrates', 'type')
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation
基类：
object产品、KO或蛋白质和化合物之间的关系。
这描述了两种产品（KO）或蛋白质和化合物之间的关系，如KGML v0.7.2版本中所述（http：//www.kegg.jp/kegg/xml/docs/）
- 属性：
entry 1-定义关系的第一个Entry对象节点ID（int）
entry 2-定义关系的第二个Entry对象节点ID（int）
类型-关系类型
子类型-关系的子类型列表，作为（名称、值）二元组列表
- __init__()
初始化课程。
- __str__()
返回有用的人类可读字符串。
- property entry1
关系的条目1。
- __firstlineno__ = 777
- __static_attributes__ = ('_entry1', '_entry2', '_pathway', 'subtypes', 'type')
- property entry2
关系的入口2。
- property element
返回描述关系的KGML元素。