Bio.KEGG.KGML.KGML_解析器模块

用于解析KGML路径图的类和函数。

KGML路径映射被解析为本模块中KGML_Pathway.py中定义的对象结构。

职业：

• KGMLParser -解析KGML文件

功能：

• read -返回单个Pathway对象，内部使用KGMLParser

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.read(handle)

从给定的文件手柄解析单个KEGG路径。

返回单个Pathway对象。 每个文件中应该有而且只有一条路径，但那里很可能有病理性的例子。

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.parse(handle)

返回Pathway元素上的迭代器。

论点：

• handle -用于解析的KGML文件的文件handle，或KGML字符串

这是一个用于返回多个Pathway对象的生成器。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser(elem)

基类：object

将KGML HTML路径条目解析为路径对象。

示例：读取并解析大型代谢文件

>>> from Bio.KEGG.KGML.KGML_parser import read
>>> pathway = read(open('KEGG/ko01100.xml', 'r'))
>>> print(len(pathway.entries))
3628
>>> print(len(pathway.reactions))
1672
>>> print(len(pathway.maps))
149

>>> pathway = read(open('KEGG/ko00010.xml', 'r'))
>>> print(pathway)
Pathway: Glycolysis / Gluconeogenesis
KEGG ID: path:ko00010
Image file: http://www.kegg.jp/kegg/pathway/ko/ko00010.png
Organism: ko
Entries: 99
Entry types:
    ortholog: 61
    compound: 31
    map: 7

__init__(elem)

初始化课程。

parse()

解析输入元素。

__firstlineno__ = 78

__static_attributes__ = ('entry', 'pathway')