Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_文本模块

用于HMMER 2文本输出的Bio.SearchIO解析器。

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextParser(handle)

基类：object

HMMER 2.0文本输出的迭代器。

__init__(handle)

初始化课程。

__iter__()

在Hmmer 2TextParser上迭代，产生查询结果。

read_next(rstrip=True)

返回下一个非空行，删除尾部空白。

push_back(line)

取消读取不应分析的行。

parse_key_value()

分析用逗号分隔的关键字-值对。

parse_preamble()

解析HMMER 2前导码。

parse_qresult()

解析HMMER 2查询块。

parse_hits()

从命中表开始，解析HMMER 2命中块。

parse_hsps(hit_placeholders)

从hSP表开始，解析HMMER 2 hSP块。

parse_hsp_alignments()

解析HMMER 2 SPP对齐块。

__firstlineno__ = 36

__static_attributes__ = ('_meta', 'buf', 'handle', 'line', 'qresult')

class Bio.SearchIO.HmmerIO.hmmer2_text.Hmmer2TextIndexer(*args, **kwargs)

基类：_BaseHmmerTextIndexer

hmmer 2-文本格式的索引器。

qresult_start = b'Query'

qresult_end = b'//'

__iter__()

在Hmmer 2 TextIndexer上迭代;生成查询结果的键，偏差，0。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 330

__static_attributes__ = ()