生物。KEGG。复合包

模块内容

用于与KEGG配体/化合物数据库一起使用的代码。

功能：

• parse -返回给出Record对象的迭代器。

职业：

• 记录-KEGG配体/化合物的代表。

class Bio.KEGG.Compound.Record

基类：object

保存KEGG配体/化合物记录的信息。

属性：

• 条目 条目标识符。

• 名称 复合名称列表。

• 式 该化合物的化学式

• 质量 化合物的分子量

• 途径 3个字节的列表：（' PATH '，pathway id，pathway）

• 酶 EC编号列表。

• 结构2-字节组列表：（数据库，结构id列表）

• 数据链接 2-字节组列表：（数据库，链接ID列表）

__init__()

初始化为新记录。

__str__()

返回此记录的字符串表示形式。

__firstlineno__ = 29

__static_attributes__ = ('dblinks', 'entry', 'enzyme', 'formula', 'mass', 'name', 'pathway', 'structures')

Bio.KEGG.Compound.parse(handle)

解析KEGG Ligan/Compound文件，返回Record对象。

这是一个迭代器函数，通常用于for循环。 例如，使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件，

>>> with open("KEGG/compound.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
C00023 Iron
C00017 Protein
C00099 beta-Alanine
C00294 Inosine
C00298 Trypsin
C00348 all-trans-Undecaprenyl phosphate
C00349 2-Methyl-3-oxopropanoate
C01386 NH2Mec