生物。KEGG。酶包

模块内容

使用KEGG酶数据库的代码。

功能：

parse -返回给出Record对象的迭代器。

职业：

记录-保存来自KEGG酶记录的信息。

class Bio.KEGG.Enzyme.Record

基类：object

保存KEGG Enzymase记录的信息。

属性：

条目 EC编号（不含“EC”）。
名称酶名称列表。
className 分类术语列表。
sysname 该酶的系统名称。
反应反应描述字符串的列表。
基板基片列表。
产品产品列表。
抑制剂抑制剂列表。
辅因子辅因子列表。
执行器效应器的列表。
评论评论字符串列表。
途径 3个字节的列表：（数据库、id、路径）
基因 2-二元组列表：（生物体，基因id列表）
疾病 3个字节组的列表：（数据库、id、疾病）
结构2-字节组列表：（数据库，结构id列表）
数据链接 2-字节组列表：（数据库，数据库ID列表）

__init__(): 初始化新记录。

__str__(): 返回此记录的字符串表示形式。

__firstlineno__ = 35

__static_attributes__ = ('classname', 'cofactor', 'comment', 'dblinks', 'disease', 'effector', 'entry', 'genes', 'inhibitor', 'name', 'pathway', 'product', 'reaction', 'structures', 'substrate', 'sysname')

Bio.KEGG.Enzyme.parse(handle)

解析KEGG Enzene文件，返回Record对象。

这是一个迭代器函数，通常用于for循环。例如，使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件，

>>> with open("KEGG/enzyme.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
1.1.1.1 alcohol dehydrogenase
1.1.1.62 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
1.1.1.68 Transferred to 1.5.1.20
1.6.5.3 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
1.14.13.28 3,9-dihydroxypterocarpan 6a-monooxygenase
2.4.1.68 glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase
3.1.1.6 acetylesterase
2.7.2.1 acetate kinase

Bio.KEGG.Enzyme.read(handle)

解析仅包含一个条目的KEGG Enzene文件。

如果手柄不包含记录或包含多个记录，则会引发异常。例如：

>>> with open("KEGG/enzyme.new") as handle:
...     record = read(handle)
...     print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
6.2.1.25 benzoate---CoA ligase