生物。KEGG。基因包

模块内容

用于与KEGG Gene数据库一起使用的代码。

函数：- parse -返回一个给出Record对象的迭代器。

类：-记录-KEGG基因的表示。

class Bio.KEGG.Gene.Record

基类：object

保存来自KEGG基因记录的信息。

属性：

• 条目 条目标识符。

• 名称 基因名称列表。

• 定义基因的定义。

• 直同源 2元组列表：（orthology id，role）

• 生物体 二元组：（有机体id，有机体）

• 位置 基因的位置

• 基序 2-字节组列表：（数据库，链接ID列表）

• 数据链接 2-字节组列表：（数据库，链接ID列表）

__init__()

初始化新记录。

__str__()

返回此记录的字符串表示形式。

__firstlineno__ = 27

__static_attributes__ = ('dblinks', 'definition', 'entry', 'motif', 'name', 'organism', 'orthology', 'position')

Bio.KEGG.Gene.parse(handle)

解析KEGG Gene文件，返回Record对象。

这是一个迭代器函数，通常用于for循环。 例如，使用Biopython测试套件中的一个示例KEGG文件，

>>> with open("KEGG/gene.sample") as handle:
...     for record in parse(handle):
...         print("%s %s" % (record.entry, record.name[0]))
...
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