Bio.Nexus.Nexus模块

Nexus类。解析NEXUS文件的内容。

基于“NEXUS：系统信息的可扩展文件格式”Maddison、Swofford、Maddison。1997.系统生物学46（4）：590-621

exception Bio.Nexus.Nexus.NexusError

基类：Exception

Nexus例外管理的规定。

__firstlineno__ = 61
__static_attributes__ = ()
class Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer(string)

基类：object

帮助从缓冲区读取NEXUS单词和字符（半私人）。

此类不再供公共使用。

__init__(string)

初始化课程。

peek()

从缓冲区返回第一个字符。

peek_nonwhitespace()

返回缓冲区中的第一个字符，不包括空白。

__next__()

迭代文件中的NEXUS字符。

next_nonwhitespace()

检查NEXUS文件中的下一个非空白字符。

skip_whitespace()

跳过NEXUS文件中的空白字符。

next_until(target)

迭代NEXUS文件，直到到达目标字符。

peek_word(word)

返回存储在缓冲区中的单词。

next_word()

返回字符串中的下一个NEXUS单词。

这涉及单引号和双引号、空白和标点符号。

rest()

返回字符串的其余部分，而不进行解析。

__firstlineno__ = 65
__static_attributes__ = ('buffer',)
class Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix(symbols, gap)

基类：object

计算加权简约的阶梯矩阵。

请参阅：系统发生分析中的组合权重-统计简约程序Wheeler（1990），Cladistics 6：269-275。

__init__(symbols, gap)

初始化课程。

set(x, y, value)

在矩阵的位置设置给定值。

add(x, y, value)

将给定的值添加到矩阵位置的现有值。

sum()

计算关联，建立关联矩阵。

transformation()

计算变换矩阵。

规范关联矩阵的列。

weighting()

计算系统发生权重矩阵。

由变换矩阵的对数变换构成。

smprint(name='your_name_here')

打印步骤矩阵。

__firstlineno__ = 176
__static_attributes__ = ('data', 'symbols')
Bio.Nexus.Nexus.safename(name, mrbayes=False)

根据NEXUS标准返回分类单元标识符。

用标点符号或空白以及双单引号将名字包裹起来。

mrbayes=True：为mrbayes软件包编写不带引号、空白或标点符号的名称。

Bio.Nexus.Nexus.quotestrip(word)

删除标识符周围的引号和/或双引号。

Bio.Nexus.Nexus.get_start_end(sequence, skiplist=('-', '?'))

返回跳过列表中不在的第一个和最后一个字符的位置。

Skiplist默认为 ['-','?'] .

Bio.Nexus.Nexus.combine(matrices)

合并矩阵 [(name,nexus-instance),...] 并返回新的nexus实例。

combined_matrix= combined（ [(name1,nexus_instance1),(name2,nexus_instance2),...] 字符集、字符分区和分类单元集在组合矩阵中被加了前置、重新调整和存在。

class Bio.Nexus.Nexus.Commandline(line, title)

基类：object

将命令行表示为命令和选项。

__init__(line, title)

初始化课程。

__firstlineno__ = 568
__static_attributes__ = ('command', 'options')
class Bio.Nexus.Nexus.Block(title=None)

基类：object

用块名称和命令行列表代表NEXUS块。

__init__(title=None)

初始化课程。

__firstlineno__ = 609
__static_attributes__ = ('commandlines', 'title')
class Bio.Nexus.Nexus.Nexus(input=None)

基类：object

创建Nexus类，用于管理Nexus文件的主类。

__init__(input=None)

初始化课程。

read(input)

读取和解析NEXUS输入（文件名、文件处理程序或字符串）。

write_nexus_data_partitions(matrix=None, filename=None, blocksize=None, interleave=False, exclude=(), delete=(), charpartition=None, comment='', mrbayes=False)

为charzone中的每个分区编写一个nexus文件。

仅包括未排除的字符和未删除的分类群，仅写入数据块。

write_nexus_data(filename=None, matrix=None, exclude=(), delete=(), blocksize=None, interleave=False, interleave_by_partition=False, comment=None, omit_NEXUS=False, append_sets=True, mrbayes=False, codons_block=True)

用数据写一个nexus文件，并将块设置为一个文件或句柄。

默认情况下，字符集和分区会添加，并根据排除的字符进行调整（即字符集仍然指向相同的位置（不一定是相同的位置），而不包括删除的字符。

  • 文件名-文件名作为字符串（将被打开、写入和关闭），或处理对象（将被写入但不关闭）。

  • intermediate_by_portion-可选分区名称（字符串）

  • 省略_NEXUS -布尔值。 如果为真，则省略通常位于文件开头的“#NEXUS”行。

返回用于写入数据的文件名/手柄。

append_sets(exclude=(), delete=(), mrbayes=False, include_codons=True, codons_only=False)

返回集合块。

export_fasta(filename=None, width=70)

将矩阵写入fasta文件。

export_phylip(filename=None)

将矩阵写入PHYLIP文件。

请注意，这会编写一个宽松的PHYLIP格式文件，其中的名称不会被截断，也不会检查无效字符。

constant(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一个包含所有常量字符的列表。

cstatus(site, delete=(), narrow=True)

总结性格。

narrow=True：pup-mode（a c？--> ac;？? ? --> ?)窄=假： （a c？--> a c g t -;？? ? --> a c g t -）

weighted_stepmatrix(name='your_name_here', exclude=(), delete=())

计算加权简约的阶梯矩阵。

参见Wheeler（1990），Cladistics 6：269-275和Felsenstein（1981），Biol. J. Linn. Soc. 16：183-196

crop_matrix(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回不删除分类群和排除字符的矩阵。

bootstrap(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回引导矩阵。

add_sequence(name, sequence)

向矩阵添加序列（字符串）。

insert_gap(pos, n=1, leftgreedy=False)

在矩阵中添加间隙并调整字符集和分区。

pos=0：第一个位置pos=nchar：最后一个位置

invert(charlist)

返回字符列表中不包含的所有字符索引。

gaponly(include_missing=False)

返回仅存在差距的网站。

__firstlineno__ = 618
__static_attributes__ = ('ambiguous_values', 'charlabels', 'charpartitions', 'charsets', 'codonposset', 'datatype', 'eliminate', 'equate', 'filename', 'gap', 'interleave', 'labels', 'matchchar', 'matrix', 'missing', 'nchar', 'ntax', 'options', 'respectcase', 'rev_ambiguous_values', 'set', 'statelabels', 'structured', 'symbols', 'taxlabels', 'taxpartitions', 'taxsets', 'tokens', 'translate', 'transpose', 'trees', 'unaltered_taxlabels', 'unambiguous_letters', 'unknown_blocks', 'valid_characters')
terminal_gap_to_missing(missing=None, skip_n=True)

用缺失的字符替换所有终端间隙。

混合像？？--？？-都得到了妥善解决。