Bio.Align.a2m模块

Bio。对齐对A2 M文件的支持。

A2 M文件是由Sam序列比对和建模软件系统中的SYS 2Model或hmmscore创建的比对文件。

class Bio.Align.a2m.AlignmentWriter(target)

基类：AlignmentWriter

A2 M文件格式的对齐文件编写器。

fmt: str | None = 'A2M'

format_alignment(alignment)

以A2 M文件格式返回具有对齐方式的字符串。

write_alignments(stream, alignments)

将单个对齐方式写入输出文件，并返回1。

对齐-返回对齐对象流的列表或迭代器 - 输出文件流。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 19

__static_attributes__ = ()

class Bio.Align.a2m.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

A2 M文件格式文件的对齐迭代器。

A2 M文件包含一个多重对齐。在仅包含匹配或删除的对齐列中，匹配用大写字母表示，删除用虚线表示。插入用大写字母表示，与插入对齐的间隙显示为句号。 标题行以“>”开头，后面是序列的名称，还可以选择描述。

fmt: str | None = 'A2M'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 58

__static_attributes__ = ()