Bio.Align.分析模块

用于对密码子比对进行计算的代码。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds(alignment, method='NG86', codon_table=None, k=1, cfreq=None)

计算给定两个序列的dN和dS。

可用方法：

• NG 86- Nei and Gojobori (1986) (PMID 3444411）。

• LWL85 - Li et al. (1985) (PMID 3916709）。

• ML - Goldman and Yang (1994) (PMID 7968486）。

• 公司简介 Yang and Nielsen (2000) (PMID 10666704）。

论点：

• k -转变/倒转率比

• cfreq -仅在使用ML方法时才能指定当前密码子频率载体。获取cfreq的可能方法有：F1 x4、F3 x4和F61。

Bio.Align.analysis.calculate_dn_ds_matrix(alignment, method='NG86', codon_table=None)

成对计算多重对齐的dN和dS，并作为矩阵返回。

论点：

• 方法 - 可用方法包括NG 86、LWL85、YN 00和ML。

• 密码子表-用于前向翻译的密码子表。

Bio.Align.analysis.mktest(alignment, species=None, codon_table=None)

麦克唐纳-克赖特曼中立性测试。

实施McDonald-Kreitman中立性测试（PMID：1904993）该方法计算更改而不是网站（http：//mkt.uab.es/mkt/help_mkt.aspp）。

论点：

• 对准 - 要比较的基因核苷序列的比对。

• 物种 - 比对中每个序列的物种ID列表。通常，物种ID是物种名称，形式为字符串或整数。

• 密码子表-用于前向翻译的密码子表。

返回测试结果的p值。