Bio.Align.bed模块

Bio.Align对BED（浏览器可扩展数据）文件的支持。

浏览器可扩展数据（BED）格式将一系列成对比对存储在单个文件中。通常，它们用于转录本与基因组的比对。BED文件存储比对位置和比对分数，但不存储比对序列。

请参阅http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

您需要通过Bio.Align功能使用此模块。

BED格式中的坐标是根据从零开始的位置（如Python）和对齐区域大小来定义的。

长度为一且从源序列中的第一个位置开始的最小对齐区域将具有 start == 0 和 size == 1 .

正如我们在这个例子中看到的那样， start + size 将给出比零基结束位置多一个。因此我们可以操纵 start 和 start + size 作为Python列表切片边界。

class Bio.Align.bed.AlignmentWriter(target, bedN=12)

基类：AlignmentWriter

浏览器可扩展数据（BED）文件格式的对齐文件编写器。

__init__(target, bedN=12)

创建AlignmentWriter对象。

论点：

• 目标 - 输出流或文件名

• 床N - BED文件中的列数。

  它必须介于3和12之间;默认值为12。

format_alignment(alignment)

返回具有一个对齐格式为BED行的字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 39

__static_attributes__ = ('bedN',)

class Bio.Align.bed.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

浏览器可扩展数据（BED）文件的对齐迭代器。

文件中的每一行都包含一个成对对齐，这些对齐是增量加载和返回的。 附加对齐信息存储为每个对齐的属性。

fmt: str | None = 'BED'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 157

__static_attributes__ = ()