Bio.Blast.NCBIWWW模块

通过互联网调用NCBI RST服务器的代码。

该模块提供与NCBI提供的WW版本的BST一起工作的代码。https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

变量：

  • 电子邮件 设置Blast电子邮件参数（默认为无）。

  • 工具 设置Blast工具参数（默认为 biopython ).

Bio.Blast.NCBIWWW.qblast(program, database, sequence, url_base=NCBI_BLAST_URL, auto_format=None, composition_based_statistics=None, db_genetic_code=None, endpoints=None, entrez_query='(none)', expect=10.0, filter=None, gapcosts=None, genetic_code=None, hitlist_size=50, i_thresh=None, layout=None, lcase_mask=None, matrix_name=None, nucl_penalty=None, nucl_reward=None, other_advanced=None, perc_ident=None, phi_pattern=None, query_file=None, query_believe_defline=None, query_from=None, query_to=None, searchsp_eff=None, service=None, threshold=None, ungapped_alignment=None, word_size=None, short_query=None, alignments=500, alignment_view=None, descriptions=500, entrez_links_new_window=None, expect_low=None, expect_high=None, format_entrez_query=None, format_object=None, format_type='XML', ncbi_gi=None, results_file=None, show_overview=None, megablast=None, template_type=None, template_length=None, username='blast', password=None)

使用NCBI的QRST服务器进行RST搜索。

支持Put和Get旧qblast API的所有参数。

请注意，NCBI使用新的Common URL API在互联网上进行BST搜索（https：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/urlapi.html）。因此，该函数使用的一些参数不再（或不再）受到NCBI的官方支持。尽管它们仍在发挥作用，但未来可能会改变。

一些有用的参数：

  • 程序 blastp、blastx、tblastp或tblastx（小写）

  • 数据库 要搜索哪个数据库（例如“nr”）。

  • 序列 要搜索的序列。

  • ncbi_gi True/指定是否给出“gi”标识符。

  • 描述 要显示的描述数量。 Def 500。

  • 比对 要显示的路线数量。 Def 500。

  • 想到 期望值截止值。 Def 10.0。

  • 矩阵名称 指定另类。矩阵（PAM30、PAM70、BLOSUM80、BLOSUM45）。

  • 滤波器 “无”会关闭过滤。 默认无过滤

  • 格式_类型 “HTML”、“文本”、“ASN.1”或“HTML”。 定义。“ML”。

  • entrez_查询 Inbox查询以限制Blast搜索-仅适用于搜索核苷BLASTDB时

  • 命中列表大小 要返回的命中数。默认值50

  • Megablast 真/指定是否使用MEga BST算法（仅blaSYS）

  • 短查询 TRUE/确定是否调整

    简短的查询序列。请注意，这将覆盖手动设置的参数，例如字大小和e值。当序列长度> 30个残基时关闭。默认：无。

  • 服务 plain、psi、phi、rpsblast、megablast（大写）

该函数不检查参数的有效性，而是将值按原样传递给服务器。 更多帮助，请访问：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/urlapi.html