Bio. DBC.alphafold_DB模块

用于与AlphaFold蛋白质结构数据库交互的模块。

看到 database website 和 API docs .

Bio.PDB.alphafold_db.get_predictions(qualifier: str) → Iterator[dict]

获取加入UniProt的所有AlphaFold预测。

参数:

qualifier (str) -- UniProt加入，例如P00520

返回:

AlphaFold预测

返回类型:

Iterator[dict]

Bio.PDB.alphafold_db.download_cif_for(prediction: dict, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → str

下载mminf文件进行AlphaFold预测。

如果未指定目标，则将文件下载到当前工作目录。

参数:

• prediction (dict) -- AlphaFold预测

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) -- 将mminf数据写入的目录默认为当前工作目录

返回:

mminf文件的路径

返回类型:

str

Bio.PDB.alphafold_db.get_structural_models_for(qualifier: str, mmcif_parser: MMCIFParser | None = None, directory: str | bytes | PathLike | None = None) → Iterator[Structure]

获取UniProt加入的TSB结构。

如果不存在，请将mminf文件下载到该目录。

参数:

• qualifier (str) -- UniProt加入，例如P00520

• mmcif_parser (MMCIFParser, optional) -- 要使用的mminf解析器默认为 MMCIFParser()

• directory (Union[int, str, bytes, PathLike], optional) -- 存储mminf数据的目录默认为当前工作目录

返回:

DBC结构上的迭代器

返回类型:

Iterator[PDBStructure]