Bio.Data.CodonTable模块

密码子表基于NCBI的密码子表。

这些表基于使用Deliver/Update_ncbi_podon_table. py解析NCBI文件 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/entrez/misc/data/gc.prt

最后更新于版本4.4（2019年5月）

exception Bio.Data.CodonTable.TranslationError

基类：Exception

翻译特定例外的容器。

__firstlineno__ = 44

__static_attributes__ = ()

class Bio.Data.CodonTable.CodonTable(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons)

基类：object

密码表，或遗传密码。

__init__(nucleotide_alphabet: str | None = None, protein_alphabet: str | None = None, forward_table: dict[str, str] = forward_table, back_table: dict[str, str] = back_table, start_codons: list[str] = start_codons, stop_codons: list[str] = stop_codons) → None

初始化课程。

forward_table: dict[str, str] = {}

back_table: dict[str, str] = {}

start_codons: list[str] = []

stop_codons: list[str] = []

__str__()

返回密码子表的简单文本表示。

例如：：

>>> import Bio.Data.CodonTable
>>> print(Bio.Data.CodonTable.standard_dna_table)
Table 1 Standard, SGC0

  |  T      |  C      |  A      |  G      |
--+---------+---------+---------+---------+--
T | TTT F   | TCT S   | TAT Y   | TGT C   | T
T | TTC F   | TCC S   | TAC Y   | TGC C   | C
...
G | GTA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A
G | GTG V   | GCG A   | GAG E   | GGG G   | G
--+---------+---------+---------+---------+--
>>> print(Bio.Data.CodonTable.generic_by_id[1])
Table 1 Standard, SGC0

  |  U      |  C      |  A      |  G      |
--+---------+---------+---------+---------+--
U | UUU F   | UCU S   | UAU Y   | UGU C   | U
U | UUC F   | UCC S   | UAC Y   | UGC C   | C
...
G | GUA V   | GCA A   | GAA E   | GGA G   | A
G | GUG V   | GCG A   | GAG E   | GGG G   | G
--+---------+---------+---------+---------+--

__annotations__ = {'back_table': dict[str, str], 'forward_table': dict[str, str], 'start_codons': list[str], 'stop_codons': list[str]}

__firstlineno__ = 48

__static_attributes__ = ('back_table', 'forward_table', 'nucleotide_alphabet', 'protein_alphabet', 'start_codons', 'stop_codons')

Bio.Data.CodonTable.make_back_table(table, default_stop_codon)

回到后台（原始单密码子映射）。

仅返回单个密码，根据排序顺序从可能的替代方案中进行选择。

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTable(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基类：CodonTable

通用核苷序列的密码子表。

nucleotide_alphabet: str | None = None

protein_alphabet = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'

__init__(id, names, table, start_codons, stop_codons)

初始化课程。

__repr__()

将NCBI密码子表类表示为字符串以进行调试。

__annotations__ = {'nucleotide_alphabet': typing.Optional[str]}

__firstlineno__ = 164

__static_attributes__ = ('back_table', 'forward_table', 'id', 'names', 'start_codons', 'stop_codons')

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableDNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基类：NCBICodonTable

明确DNA序列的密码子表。

nucleotide_alphabet: str | None = 'GATC'

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 184

__static_attributes__ = ()

class Bio.Data.CodonTable.NCBICodonTableRNA(id, names, table, start_codons, stop_codons)

基类：NCBICodonTable

明确RNA序列的密码子表。

nucleotide_alphabet: str | None = 'GAUC'

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 190

__static_attributes__ = ()

class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousCodonTable(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)

基类：CodonTable

模糊序列的基本密码子表。

__init__(codon_table, ambiguous_nucleotide_alphabet, ambiguous_nucleotide_values, ambiguous_protein_alphabet, ambiguous_protein_values)

初始化课程。

__getattr__(name)

将属性查找转发到原始表。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 199

__static_attributes__ = ('_codon_table',)

Bio.Data.CodonTable.list_possible_proteins(codon, forward_table, ambiguous_nucleotide_values)

返回模糊密码子的所有可能编码的氨基酸。

Bio.Data.CodonTable.list_ambiguous_codons(codons, ambiguous_nucleotide_values)

扩展密码子列表以包括所有可能的模糊密码子。

例如：：

['TAG', 'TAA'] -> ['TAG', 'TAA', 'TAR']
['UAG', 'UGA'] -> ['UAG', 'UGA', 'URA']

注意 ['TAG', 'TGA'] -> ['TAG', 'TGA'] ，这不会添加“TRR”（也可能意味着“TAA”或“TGG”）。因此，以下仅添加了两个密码子：

例如：：

['TGA', 'TAA', 'TAG'] -> ['TGA', 'TAA', 'TAG', 'TRA', 'TAR']

返回新的（更长的）密码子串列表。

class Bio.Data.CodonTable.AmbiguousForwardTable(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)

基类：object

用于翻译歧义核苷序列的向前表。

__init__(forward_table, ambiguous_nucleotide, ambiguous_protein)

初始化课程。

__contains__(codon)

检查密码子是否充当模棱两可的forward_table的键。

仅在forward_table时返回“True” [codon] 返回一个值。

__firstlineno__ = 373

__static_attributes__ = ('_cache', '_inverted', 'ambiguous_nucleotide', 'ambiguous_protein', 'forward_table')

get(codon, failobj=None)

为类似字典的行为实现get。

__getitem__(codon)

为AmbiguousForwardTable实现类似字典的行为。

forward_table [codon] 将返回一个氨基酸字母，或者抛出KeyLock（如果密码子不编码一个氨基酸）或TranslationLock（如果密码子确实编码一个氨基酸，但也是终止密码子或确实编码几个氨基酸，对于这些氨基酸，给定字母表中没有唯一的字母可用。

Bio.Data.CodonTable.register_ncbi_table(name, alt_name, id, table, start_codons, stop_codons)

将密码子表数据转换为对象（PRIVATE）。

数据存储在字典中。