Bio. DBC. PDBOP模块

DBC文件的输出。

class Bio.PDB.PDBIO.Select

基类：object

选择用于DBC输出的所有内容（用作Base Class）。

编写过程中的默认选择（一切）-可用作基本类来实现选择性输出。这会选择将写出哪些实体。

__repr__()

将输出表示为字符串以进行调试。

accept_model(model)

超载以拒绝输出模型。

accept_chain(chain)

超载以拒绝输出链。

accept_residue(residue)

重载此函数以拒绝输出残差。

accept_atom(atom)

重载此函数以拒绝输出原子。

__firstlineno__ = 28

__static_attributes__ = ()

class Bio.PDB.PDBIO.StructureIO

基类：object

从中派生结构文件格式编写器的Base Class。

__init__()

初始化。

set_structure(pdb_object)

检查用户提供的内容并构建结构。

__firstlineno__ = 59

__static_attributes__ = ('structure',)

class Bio.PDB.PDBIO.PDBIO(use_model_flag=0, is_pqr=False)

基类：StructureIO

将结构对象（或结构对象的子集）编写为DBC或PQR文件。

示例

>>> from Bio.PDB import PDBParser
>>> from Bio.PDB.PDBIO import PDBIO
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> io=PDBIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-pdbio-out.pdb")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-pdbio-out.pdb")  # tidy up

__init__(use_model_flag=0, is_pqr=False)

创建PD比奥对象。

参数:

• use_model_flag (int) -- 如果为1，则在输出中强制使用MOTION记录。

• is_pqr (Boolean) -- 如果为True，请构建PQR文件。否则构建DBC文件。

save(file, select=_select, write_end=True, preserve_atom_numbering=False)

将结构保存到文件。

参数:

• file (string or filehandle) -- 输出文件

• select (object) -- 选择要写入的实体。

通常select是L{Select}的一个子集，它应该有以下方法：

• accept_mode（模型）

• accept_chain（chain）

• accept_residue（residue）

• accept_atom（atom）

如果要写出实体，这些方法应该返回1，否则应该返回0。

通常，select是L{Select}的子类。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 116

__static_attributes__ = ('is_pqr', 'use_model_flag')