Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_粗俗模块

Bio. SearchIO解析器,用于免除粗俗输出格式。

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser(handle)

基类:_BaseExonerateParser

免除粗俗字符串的解析器。

parse_alignment_block(header)

分析粗俗格式的对齐块,返回查询结果、点击次数、hsps。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'_ALN_MARK': 'Optional[str]'}
__firstlineno__ = 123
__static_attributes__ = ()
class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer(filename, **kwargs)

基类:_BaseExonerateIndexer

索引器类用于为粗俗的行开脱。

get_qresult_id(pos)

返回最近的粗俗行的查询ID。

get_raw(offset)

从给定的偏置量返回CredyResponse对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'_parser': type[Bio.SearchIO.ExonerateIO._base._BaseExonerateParser], '_query_mark': 'Optional[bytes]'}
__firstlineno__ = 176
__static_attributes__ = ()