Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_粗俗模块
Bio. SearchIO解析器,用于免除粗俗输出格式。
- class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarParser(handle)
基类:
_BaseExonerateParser
免除粗俗字符串的解析器。
- parse_alignment_block(header)
分析粗俗格式的对齐块,返回查询结果、点击次数、hsps。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'_ALN_MARK': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 123
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_vulgar.ExonerateVulgarIndexer(filename, **kwargs)
基类:
_BaseExonerateIndexer
索引器类用于为粗俗的行开脱。
- get_qresult_id(pos)
返回最近的粗俗行的查询ID。
- get_raw(offset)
从给定的偏置量返回CredyResponse对象的原始字节字符串。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'_parser': type[Bio.SearchIO.ExonerateIO._base._BaseExonerateParser], '_query_mark': 'Optional[bytes]'}
- __firstlineno__ = 176
- __static_attributes__ = ()