Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_文本模块

Bio.SearchIO解析器,用于免除纯文本输出格式。

class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextParser(handle)

基类:_BaseExonerateParser

免除纯文本输出的解析器。

parse_alignment_block(header)

分析对齐块,返回查询结果、命中率、hsps。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'_ALN_MARK': 'Optional[str]'}
__firstlineno__ = 313
__static_attributes__ = ('line',)
class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer(filename, **kwargs)

基类:_BaseExonerateIndexer

用于免除纯文本的索引器类。

get_qresult_id(pos)

从最近的“Query:”行返回查询ID。

get_raw(offset)

从给定的偏置量返回CredyResponse对象的原始字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})
__annotations__ = {'_parser': 'Optional[type[_BaseExonerateParser]]', '_query_mark': 'Optional[bytes]'}
__firstlineno__ = 483
__static_attributes__ = ()