Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_文本模块
Bio.SearchIO解析器,用于免除纯文本输出格式。
- class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextParser(handle)
基类:
_BaseExonerateParser
免除纯文本输出的解析器。
- parse_alignment_block(header)
分析对齐块,返回查询结果、命中率、hsps。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'_ALN_MARK': 'Optional[str]'}
- __firstlineno__ = 313
- __static_attributes__ = ('line',)
- class Bio.SearchIO.ExonerateIO.exonerate_text.ExonerateTextIndexer(filename, **kwargs)
基类:
_BaseExonerateIndexer
用于免除纯文本的索引器类。
- get_qresult_id(pos)
从最近的“Query:”行返回查询ID。
- get_raw(offset)
从给定的偏置量返回CredyResponse对象的原始字符串。
- __abstractmethods__ = frozenset({})
- __annotations__ = {'_parser': 'Optional[type[_BaseExonerateParser]]', '_query_mark': 'Optional[bytes]'}
- __firstlineno__ = 483
- __static_attributes__ = ()