Bio.Nexus.Trees模块
处理系统发生树的树类。
提供一组方法来读取和写入新格式的树描述、获取有关树的信息（分类单元集的单系性、树之间的一致性、共同祖先等.）并操纵树（重新根树、拆分终端节点）。
- exception Bio.Nexus.Trees.TreeError
基类：
Exception管理树例外的规定。
- __firstlineno__ = 32
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.Nexus.Trees.NodeData(taxon=None, branchlength=0.0, support=None, comment=None)
基类：
object存储与节点（例如分支或otus）相关的树相关数据。
- __init__(taxon=None, branchlength=0.0, support=None, comment=None)
初始化课程。
- __firstlineno__ = 36
- __static_attributes__ = ('branchlength', 'comment', 'support', 'taxon')
- class Bio.Nexus.Trees.Tree(tree=None, weight=1.0, rooted=False, name='', data=NodeData, values_are_support=False, max_support=1.0)
基类：
Chain使用具有一个前身（=祖先）和多个后继（=子分支）的节点链来代表一棵树。
- __init__(tree=None, weight=1.0, rooted=False, name='', data=NodeData, values_are_support=False, max_support=1.0)
Ntree（自我，树）。
- node(node_id)
返回node_id的实例。
节点=节点（self，节点_id）
- split(parent_id=None, n=2, branchlength=1.0)
物种形成：生成一个节点的n个（默认为两个）后代。
[new ids] =分裂（self，parent_id=无，n=2，branchlong =1.0）：
- search_taxon(taxon)
返回self.data. taxon中的第一个匹配分类单元。不限于终端节点。
节点_id = search_taxon（self，taxon）
- prune(taxon)
从树上修剪末端分类群。
id_of_previous_note = prune（self，taxon）如果分类单元来自分叉，则连接节点将折叠，并将其分支长度添加到剩余的末端节点。这可能不再是一个有意义的价值”
- get_taxa(node_id=None)
从节点向下返回所有otus的列表。
nodes = get_taxa（self，node_id=无）
- get_terminals()
返回所有终端节点的列表。
- is_terminal(node)
如果节点是终端节点，则返回True。
- is_internal(node)
如果节点是内部节点，则返回True。
- is_preterminal(node)
如果一个节点的所有后继节点都是终端节点，则返回True。
- count_terminals(node=None)
计算连接到节点的终端节点数量。
- collapse_genera(space_equals_underscore=True)
折叠属于同一属的所有子树。
(i.e它们的分类单元名称中使用相同的第一个词。）
- sum_branchlength(root=None, node=None)
将从根（默认self.root）到节点的branchltax相加。
sum = sum_branchlong（self，root=无，节点=无）
- set_subtree(node)
将子树作为一组嵌套集返回。
集合=集合_子树（self，节点）
- is_identical(tree2)
比较tree和tree 2的身份。
结果= is_equal（self，tree 2）
- is_compatible(tree2, threshold, strict=True)
比较支持>兼容性阈值的分支。
结果= is_compatible（self，tree 2，th阈值）
- common_ancestor(node1, node2)
返回连接两个节点的共同祖先。
节点_id = common_ancestor（self，node1，node2）
- distance(node1, node2)
相加并返回两个节点之间的分支长度之和。
dist =距离（自身、节点1、节点2）
- is_monophyletic(taxon_list)
如果taxon_list是单系的，则返回共同祖先的节点_id，否则返回-1。
结果= is_monophyletic（self，taxon_list）
- is_bifurcating(node=None)
如果节点下游的树严格分叉，则返回True。
- branchlength2support()
将存储在data. branchsize中的值移动到data.support，并将branchsize设置为0.0。
当支持已存储为分支长度（例如paup）并因此被读取为分支长度时，这是必要的。
- convert_absolute_support(nrep)
将绝对支持（进化枝计数）转换为rel。频率.
一些软件（例如PHYLIP consense）只是计算分支出现的频率，而不是计算相对频率。
- has_support(node=None)
如果任何节点具有data.support，则返回True！=没有。
- randomize(ntax=None, taxon_list=None, branchlength=1.0, branchlength_sd=None, bifurcate=True)
使用ntax分类单元和/或来自税单的分类单元生成随机树。
new_tree = randomize（self，ntax=无，taxon_list=无，branchlong = 1.0，branchlength_sd=无，burcate =True）默认情况下，树会分叉。（尚未支持多分体）。
- display()
所有节点的快速肮脏列表。
- to_string(support_as_branchlengths=False, branchlengths_only=False, plain=True, plain_newick=False, ladderize=None, ignore_comments=True)
返回paup兼容的树线。
- __str__()
to_字符串（）的简短版本，给出普通树。
- unroot()
使用有根树的数据定义无根树结构。
- root_with_outgroup(outgroup=None)
用参考组外组定义树的根。
- merge_with_support(bstrees=None, constree=None, threshold=0.5, outgroup=None)
将进化枝支持（来自共识或引导树列表）与系统基因合并。
tree=merge_bootstrap（phylo，bs_tree=<list_of_trees>）或tree=merge_bootstrap（phylo，consree=consensus_tree with clade support）
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 47
- __static_attributes__ = ('__values_are_support', 'branchlengths_only', 'dataclass', 'ignore_comments', 'max_support', 'name', 'plain', 'root', 'rooted', 'support_as_branchlengths', 'unrooted', 'weight')
- Bio.Nexus.Trees.consensus(trees, threshold=0.5, outgroup=None)
从树列表中计算相对频率>=阈值的所有分支的多数规则共识树。