生物。测序。博士模块

由PHRED输出并由PHRAP和CONMED使用的PHD文件的解析器。

这个模块可以直接使用，它将返回包含文件中所有原始数据的Record对象。

或者，使用具有“phd”格式的Bio.SeqIO将在内部调用此模块。 这将为每个重叠群序列提供SeqRecord对象。

class Bio.Sequencing.Phd.Record

基类：object

保存PHD文件中的信息。

__init__()

初始化课程。

__firstlineno__ = 37

__static_attributes__ = ('comments', 'file_name', 'seq', 'seq_trimmed', 'sites')

Bio.Sequencing.Phd.read(source)

从文件中读取一条PHD记录并将其作为Record对象返回。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象，或文件的路径。

该函数从源逐行读取PHD文件数据，并返回单个Record对象。如果在文件中找到多个记录，则会引发Value错误。

Bio.Sequencing.Phd.parse(source)

迭代一个文件，产生多个PHD记录。

参数源是以文本模式打开的类似文件的对象，或文件的路径。

从源逐行读取数据。

典型用途：：

records = parse(handle)
for record in records:
    # do something with the record object