Bio.SeqUtils.LCC模块
局部组成复杂性。
- Bio.SeqUtils.lcc.lcc_mult(seq, wsize)
计算滑动窗口上的局部组成复杂度(LCC)值。
返回浮点数列表,即序列上滑动窗口的LCC值。
seq -明确的DNA序列(字符串或Seq对象)wsize -窗口大小,integer
结果与多次应用lcc_simp相同,但该版本针对速度进行了优化。优化的工作原理是使用上一个窗口的值作为基础来计算下一个窗口。
- Bio.SeqUtils.lcc.lcc_simp(seq)
计算序列的局部合成复杂度(LCC)。
seq -明确的DNA序列(字符串或Seq对象)
返回整个序列的局部合成复杂度(LCC)值(作为浮点)。
参考:Andrzej K Konopka(2005)序列复杂性和组成https://doi.org/10.1038/npg.els.0005260