Bio.Align.sam模块

Bio.Align支持“sam”成对对齐格式。

序列比对/图谱（Sam）格式由Wellcome Trust Sanger Institute的Heng Li和Richard Durbin创建，将一系列基因组比对存储在单个文件中。通常，它们用于下一代测序数据。Sam文件存储映射序列的比对位置，并且还可以存储比对序列和与序列相关的其他信息。

请访问http://www.htslib.org/了解更多信息。

您需要通过Bio.Align功能使用此模块。

Sam格式中的坐标是根据以一为基础的开始位置定义的;解析器将这些坐标转换为以零为基础的坐标，以与Python和其他对齐格式一致。

class Bio.Align.sam.AlignmentWriter(target, md=False)

基类：AlignmentWriter

序列比对/映射（Sam）文件格式的比对文件编写器。

fmt: str | None = 'SAM'

__init__(target, md=False)

创建AlignmentWriter对象。

论点：

• td-如果为True，则根据对齐计算MD标签并将其包含

  在输出中。如果为False（默认），则不要在输出中包括MD标签。

write_header(stream, alignments)

写入Sam标头。

format_alignment(alignment, md=None)

返回具有单一对齐方式的字符串，格式为一个Sam行。

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 38

__static_attributes__ = ('md',)

class Bio.Align.sam.AlignmentIterator(source)

基类：AlignmentIterator

序列比对/映射（Sam）文件的比对迭代器。

文件中的每一行都包含一个基因组比对，这些比对将以增量方式加载和返回。 以下列存储为路线的属性：

• flag：位标志的FLAG组合;

• map：地图质量（仅在可用时存储）

• r下一步：下一次读取的主要比对的参考序列名称

  在路线中（仅在可用时存储）

• pNext：下一次读取的主要对齐的从零开始的位置

  模板（仅在可用时存储）

• tlen：已签名的观察模板长度（仅在可用时存储）

通过其标签与路线关联的其他信息存储在每个路线的注释属性中。

任何硬剪辑（查询序列中不存在的剪辑序列）都存储为查询序列记录的注释字典属性中的“hard_clip_left”和“hard_clip_right”。

序列质量（如果可用）存储为“phred_quality”在查询序列记录的letter_annotations字典属性中。

fmt: str | None = 'SAM'

__abstractmethods__ = frozenset({})

__annotations__ = {'fmt': 'Optional[str]'}

__firstlineno__ = 372

__static_attributes__ = ('_line', '_target_indices', 'metadata', 'targets')