Bio.AlignIO.NexusIO模块
Bio.AlignIO支持“nexus”文件格式。
预计您将通过Bio.AlignIO函数（或者，如果您想直接处理间隔序列，则通过Bio.SeqIO函数）使用此模块。
另请参阅Bio.Nexus模块（此代码在内部调用该模块），因为它提供的不仅仅是访问作为SeqRecord对象的比对或其序列。
- Bio.AlignIO.NexusIO.NexusIterator(handle: IO[str], seq_count: int | None = None) Iterator[MultipleSeqAlignment]
从Nexus文件返回SeqRecord对象。
从而使用Bio.Nexus模块来完成艰苦的工作。
您需要通过Bio.SeqIO或Bio.AlignIO调用此函数（而不是直接使用它）。
注意-我们只期望每个Nexus文件有一个对齐矩阵，这意味着这个迭代器只会产生一个MultipleSeqAlliance。
- class Bio.AlignIO.NexusIO.NexusWriter(handle)
-
Nexus对齐作家。
请注意，Nexus文件仅期望保存一个对齐矩阵。
您需要通过Bio.AlignIO. writer（）或Bio.SeqIO. writer（）函数调用此类。
- write_file(alignments)
使用它来编写包含给定路线的整个文件。
- 论点：
对齐-返回MultipleSeqAlliance对象的列表或迭代器。这应该保持一个且仅一个对齐。
- write_alignment(alignment, interleave=None)
将对齐写入文件。
创建一个空的Nexus对象，添加序列，然后让Nexus准备输出。默认交错行为：如果列> 1000，则进行交错-->交错处理= [True/False]
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 83
- __static_attributes__ = ()