Bio.AlignIO.MsfIO模块

Bio.AlignIO支持GCG MSF格式。

该文件格式由GCG PileUp和LocalPileUp工具生成，T-COFFEE和MUSCLE等后来的工具支持将其作为可选输出格式。

最初的GCG工具会在每个序列的末端写入间隙，这些间隙可能会丢失数据作为波浪线 (~ ），而内部差距是时期 (. ）相反。此解析器将两者替换为负号 (- ）与其他人保持一致 Bio.AlignIO .

预计您将通过Bio.AlignIO函数（或者，如果您想直接处理间隔序列，则通过Bio.SeqIO函数）使用此模块。

class Bio.AlignIO.MsfIO.MsfIterator(handle, seq_count=None)

基类：AlignmentIterator

GCG MSF对齐迭代器。

__next__()

从手柄解析下一个对齐方式。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 30

__static_attributes__ = ('_header',)