Bio.AlignIO.PhylipIO模块
AlignIO支持Joe Felsenstein的PHYLIP工具中的“phylip”格式。
预计您将通过Bio.AlignIO函数（或者，如果您想直接处理间隔序列，则通过Bio.SeqIO函数）使用此模块。
还提供对“relax phylip”格式的支持。松弛的phylip与标准phylip格式的不同之处如下：
序列ID中不允许有空白。
不执行截断。相反，序列ID被填充为最长ID长度，而不是10个字符。一个空间将序列标识符与序列分开。
RAxML和PHYML支持轻松的phylip。
注意
在Tree_PUZZZLE（Schmidt等人2003）和PHYML（Guindon和Gascuel 2003）中一个点/句号（“。”）在序列中被解释为含义与第一个序列中相同的字符。 PHYLIP文档从3.3到3.69 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html规定：
句号以前也是允许的，但现在不再允许了，因为它有时在其他程序中以不同的意义使用。
Biopython 1.58或更高版本将序列中的点/句号视为无效，无论是对于阅读还是写作。旧版本没有对圆点/句号做任何特别的事情。
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipWriter(handle)
-
Phylip对齐作家。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)
使用此功能将（另一个）单一对齐写入打开的文件。
此代码将写入隔行对齐（当序列长度超过50个字符时）。
请注意，记录标识符被严格截断为id_size，默认为符合PHYLIP标准所需的值。
有关文件格式的更多信息，请访问：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 51
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.PhylipIterator(handle, seq_count=None)
-
读取返回MultipleSeqAlignment迭代器的Phylip对齐文件。
记录标识符最多限制为10个字符。
它只能处理交错的phylip文件！ 如果序列被分割为多行，序列文件将无法工作。
有关文件格式的更多信息，请访问：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/sequence.html http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/main.html#inputfiles
- id_width = 10
- __next__()
从手柄解析下一个对齐方式。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 144
- __static_attributes__ = ('_header',)
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipWriter(handle)
基类：
PhylipWriter轻松的Phylip格式作家。
- write_alignment(alignment)
写下轻松的phylip对齐。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 270
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.RelaxedPhylipIterator(handle, seq_count=None)
-
轻松的Phylip格式迭代器。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 291
- __static_attributes__ = ()
- class Bio.AlignIO.PhylipIO.SequentialPhylipWriter(handle)
-
顺序Phylip格式作家。
- write_alignment(alignment, id_width=_PHYLIP_ID_WIDTH)
将Phylip对齐写入手柄。
- __annotations__ = {}
- __firstlineno__ = 306
- __static_attributes__ = ()