生物。基因库。记录模块

以简单的格式保存SEN数据。

职业：

• 记录-基因库记录中的所有信息。

• 引用-保存记录的引用数据。

• 特征-将信息保存在特征表中。

• 简化器-功能上的简化器。

class Bio.GenBank.Record.Record

基类：object

以与原始记录类似的格式保存基因库信息。

Record类的目的是让您在仅对查看ESB数据感兴趣时轻松获取数据。

属性：

• locus -在SEN记录中LOCUS关键字后面指定的名称。这可能是登录号、克隆ID或其他内容。

• 大小-记录的大小。

• residue_style-构成此记录中序列的残基类型。通常类似于RNA、DNA或蛋白质，但可能像“ss-RNA环”一样深奥。

• data_file_division -此记录在基因库中存储的部门（即印尼国家电力局->植物; PRI ->人类、灵长类动物; BCT ->细菌.）

• 日期-记录的提交日期，格式类似于“1998年7月28日”

• 登录-序列的所有登录号列表。

• nid -核苷酸标识号。

• pid -Protein标识符号

• 版本-登录号+版本（即AB 01234.2）

• db_source -有关记录来自的数据库的信息

• gi -记录的NCBI gi标识符。

• 关键词-与记录相关的关键词列表。

• 片段-如果该记录是一个系列之一，则这是有关该记录是哪个片段的信息（类似于“1/6”）。

• 来源-序列的来源。

• 生物体-生物体的属和种（即“智人”）

• 分类学-生物体的分类分类列表，从一般开始，逐渐变得更具体。

• 引用-引用对象列表。

• 评论-包含有关记录的任何类型评论的文本。

• features -组成功能表的功能列表。

• base_counts -包含序列碱基计数的字符串。

• origin -指定有关序列起源的信息的字符串。

• 序列-具有序列本身的字符串。

• contig -RefSeq文件中CONTIG的位置信息字符串

• 项目-基因组测序项目编号（将于2009年被dbink交叉引用取代）。

• dblinks -基因组测序项目编号和其他链接。(will替换2009年的项目信息）。

GB_LINE_LENGTH = 79

GB_BASE_INDENT = 12

GB_FEATURE_INDENT = 21

GB_INTERNAL_INDENT = 2

GB_OTHER_INTERNAL_INDENT = 3

GB_FEATURE_INTERNAL_INDENT = 5

GB_SEQUENCE_INDENT = 9

BASE_FORMAT = '%-12s'

INTERNAL_FORMAT = '  %-10s'

OTHER_INTERNAL_FORMAT = '   %-9s'

BASE_FEATURE_FORMAT = '%-21s'

INTERNAL_FEATURE_FORMAT = '     %-16s'

SEQUENCE_FORMAT = '%9s'

__init__()

初始化课程。

__str__()

为记录提供SEN格式的输出选项。

其目标是提供一种简单的方法来读取基因库记录，以某种方式修改它，然后以“基因库格式”输出它。“我们正在努力实现这一目标，以便使用该函数输出的解析记录看起来与原始记录一模一样。

大部分输出基于格式描述信息：

ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt

__firstlineno__ = 98

__static_attributes__ = ('accession', 'base_counts', 'comment', 'contig', 'data_file_division', 'date', 'db_source', 'dblinks', 'definition', 'features', 'gi', 'keywords', 'locus', 'molecule_type', 'nid', 'organism', 'origin', 'pid', 'primary', 'projects', 'references', 'residue_type', 'segment', 'sequence', 'size', 'source', 'taxonomy', 'topology', 'version', 'wgs', 'wgs_scafld')

class Bio.GenBank.Record.Reference

基类：object

保存来自基因库参考的信息。

属性：

• 编号-参考文献列表中参考文献的编号。

• 碱基-参考序列中的碱基。

• 作者-包含所有作者的字符串。

• consrTM -作者所属的联盟。

• title -引用的标题。

• journal -有关引用出现的期刊的信息。

• medline_id -引用的medline id。

• pubmed_id -引用的pubmed_id。

• 备注-关于引用的自由形式的备注。

__init__()

初始化课程。

__str__()

将引用转换为SEN格式字符串。

__firstlineno__ = 498

__static_attributes__ = ('authors', 'bases', 'consrtm', 'journal', 'medline_id', 'number', 'pubmed_id', 'remark', 'title')

class Bio.GenBank.Record.Feature(key='', location='')

基类：object

将有关功能的信息保存在基因库记录的功能表中。

属性：

• key -功能的key名称（即来源）

• location -指定要素位置的字符串。

• 限定符-要素中的限定符对象列表。

__init__(key='', location='')

初始化课程。

__repr__()

用于调试或记录的对象的表示。

__str__()

将特征作为ESB格式字符串返回。

__firstlineno__ = 609

__static_attributes__ = ('key', 'location', 'qualifiers')

class Bio.GenBank.Record.Qualifier(key='', value='')

基类：object

在基因库功能中保存有关限定符的信息。

属性：

• key -限定符的key名称（即/有机体=）

• 值-限定符的值（“Dictyosteum discoideum”）。

__init__(key='', value='')

初始化课程。

__repr__()

用于调试或记录的对象的表示。

__str__()

将功能限定符作为ESB格式字符串返回。

__firstlineno__ = 640

__static_attributes__ = ('key', 'value')