Bio.Align.替换_矩阵包

模块内容

替换矩阵。

class Bio.Align.substitution_matrices.Array(alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

基类：ndarray

numpy数组子类由integer和字母索引。

static __new__(cls, alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

创建新的数组实例。

__array_finalize__(obj, /)

存在以便子类可以调用超级。什么都不做

__getitem__(key)

回归自我 [key] .

__setitem__(key, value)

设置自我 [key] 到价值。

__contains__(key)

返回布尔（输入自我）。

__array_prepare__(out_arr, context=None)

__array_wrap__(array, [context, ]/)

返回的视图 array 与自己的类型相同。

__array_ufunc__(ufunc, method, *inputs, **kwargs)

__reduce__()

用于腌制。

__setstate__(state, /)

用于拆解。

的 state 参数必须是包含以下元素的序列：

参数:

versionint

可选泡菜版本。如果省略，默认为0。

shape元组

dtype数据类型

isFortranbool

rawdata字符串或列表

包含数据的二进制字符串（如果“a”是对象数组，则为列表）

transpose(axes=None)

调换数组。

property alphabet

返回字母表属性。

get(key, value=None)

如果找到，则返回该键的值;否则返回值。

items()

返回数组中（键、值）对的迭代器。

keys()

返回一个元组，其中键与数组相关联。

values()

返回包含存储在数组中的值的数组。

update(E=None, **F)

从dict/可迭代E和F更新数组。

select(alphabet)

通过从指定字母表中选择字母来划分数组的子集。

__format__(fmt)

默认对象格式程序。

如果form_spec为空，则返回url（self）。否则引发类型错误。

format(fmt='')

返回数组的字符串表示形式。

的论点 fmt 指定要使用的数字格式。默认情况下，如果数组包含正数，数字格式为“%i”，否则为“%.1f”。

__str__()

返回url（self）。

__repr__()

返回repr（self）。

__firstlineno__ = 18

__static_attributes__ = ('_alphabet',)

Bio.Align.substitution_matrices.read(handle, dtype=float)

解析文件并返回数组对象。

Bio.Align.substitution_matrices.load(name=None)

加载并返回预先计算的替代矩阵。

>>> from Bio.Align import substitution_matrices
>>> names = substitution_matrices.load()