生物。phylo。共识模块
用于查找共识树的类和方法。
此模块包含 _BitString 类来辅助共识树的搜索和一些常见的共识算法，如严格，多数规则和亚当共识。
- Bio.Phylo.Consensus.strict_consensus(trees)
从多棵树中搜索严格共识树。
- 参数:
- 树木iterable
可迭代树以产生共识树。
- Bio.Phylo.Consensus.majority_consensus(trees, cutoff=0)
从多棵树中搜索多数规则共识树。
这是一种扩展多数规则方法，这意味着您可以在0 ~ 1之间设置任何分界线，而不是0.5。cutoff的默认值为0，以在任何条件下创建宽松的二元共识树（只要提供的树之一是二元树）。结果共识树中每个共识进化枝的分支长度是该进化枝所有计数的平均长度。
- 参数:
- 树木iterable
可迭代树以产生共识树。
- Bio.Phylo.Consensus.adam_consensus(trees)
从多棵树中搜索Adam Consensus树。
- 参数:
- 树木列表
生成共识树的树列表。
- Bio.Phylo.Consensus.get_support(target_tree, trees, len_trees=None)
给定引导复制树，计算目标树的分支支持。
- 参数:
- target_tree树
要计算分支支持的树。
- 树木iterable
用于计算分支支持的树的迭代。
- len_treesint
树木中重复的可选计数。当len（tree）不是有效操作时，必须提供len_tree。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap(msa, times)
从多序列比对（ObSOSYS）生成引导重复。
- 参数:
- MSAMultipleSeqAlignment
多重序列比对以产生重复。
- 倍int
引导次数。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_trees(alignment, times, tree_constructor)
从多序列比对生成引导复制树。
- 参数:
- 对准对齐或MultipleSeq对齐对象
多重序列比对以产生重复。
- 倍int
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造函数。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_consensus(alignment, times, tree_constructor, consensus)
用于多序列比对的一系列引导树的共识树。
- 参数:
- 对准对齐或MultipleSeq对齐对象
多个序列比对以生成重复。
- 倍int
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造函数。
- 共识功能
本模块中的共识方法：
strict_consensus,majority_consensus,adam_consensus.