Bio.ExPasy.ScanProsite模块

用于从ExPasy调用和解析ScanProsite的代码。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Record

基类：list

代表ScanProsite返回的搜索结果。

此记录是包含ScanProsite返回的搜索结果的列表。该记录还包含数据成员n_match、n_seq、caped和warning。

__init__()

初始化课程。

__firstlineno__ = 14

__static_attributes__ = ('capped', 'n_match', 'n_seq', 'warning')

Bio.ExPASy.ScanProsite.scan(seq='', mirror='https://prosite.expasy.org', output='xml', **keywords)

执行ScanProsite搜索。

论点：

• 镜子： 要使用的ScanProsite镜像

  （默认：https://prosite.expasy.org）。

• 序列号： 查询序列，或UniProtKB（Swiss-Prot，

  TrMBE）加入

• 输出： 搜索结果的格式

  （默认：html）

进一步的搜索参数可以作为关键字传递;有关此类参数的描述，请参阅https://prosite.expasy.org/scanprosite/scanprosite_doc.html上的ScanProsite编程访问文档。

此函数返回ScanProsite返回的搜索结果的手柄。通过使用Bio.ExPASy.ScanProsite.read函数，可以将ML格式的搜索结果解析为Python对象。

Bio.ExPASy.ScanProsite.read(handle)

将ScanProsite返回的搜索结果解析为Python对象。

class Bio.ExPASy.ScanProsite.Parser

基类：ExpatParser

处理ScanProsite搜索的结果（PRIVATE）。

__init__()

初始化课程。

feed(data, isFinal=0)

如果数据中收到纯文本，则引发错误。

这是为了显示ScanProsite返回的错误消息。

__firstlineno__ = 78

__static_attributes__ = ('firsttime',)

class Bio.ExPASy.ScanProsite.ContentHandler

基类：ContentHandler

处理并填写记录、搜索结果（私人）。

integers = ('start', 'stop')

strings = ('sequence_ac', 'sequence_id', 'sequence_db', 'signature_ac', 'level', 'level_tag')

__init__()

初始化课程。

startElement(name, attrs)

定义记录的开始并存储搜索记录。

endElement(name)

定义搜索记录的结尾。

characters(content)

存储记录内容。

__annotations__ = {}

__firstlineno__ = 103

__static_attributes__ = ('content', 'element', 'record')