5. 拓扑模块

拓扑模块包含读取拓扑文件的函数。MDAnalysis使用拓扑文件来识别原子以及原子之间的键。它可以使用MD包中的拓扑文件，如CHARMM和NAMD的PSF格式或Amber的PRMTOP文件。此外，它还可以从单帧坐标文件中收集原子信息，如PDB、CRD或PQR格式(请参阅 支持的拓扑格式表 )。

通常，MDAnalysis通过文件扩展名识别格式，因此大多数用户可能不需要关心这里描述的类和函数。但是，如果MDAnalysis无法正确识别文件格式，则用户可以在 topology_format 关键字参数为 Universe 。

拓扑格式

拓扑核心模块

其余的页面主要是开发人员感兴趣的，因为它们包含在实现拓扑读取器时使用的函数和类。