MDAnalysis文档

MDAnalysis (www.mdanalysis.org) 是一个面向对象的python工具包，用于分析由 CHARMM, Gromacs, Amber, NAMD, LAMMPS, DL_POLY 和其他包；它还读取其他格式(例如， PDB 文件和 XYZ format 轨迹；请参见支持的坐标格式表和支持的拓扑格式表查看完整的名单)。它还可以编写这些格式中的大多数格式，以及用于 Gromacs, CHARMM, VMD 和 PyMol (请参阅选择导出器 )。

它允许人们通过读取分子动力学轨迹并访问原子坐标 NumPy 数组。这为复杂的分析任务提供了灵活且相对快速的框架。相当完备的原子选择命令都被实施了。轨迹也可以被操纵(例如，适合参考结构)，并以一系列格式写出。

参与进来

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MDAnalysis社区订阅了一个 Code of Conduct 所有社区成员都同意并遵守-请阅读它。

多维分析 User Guide 提供有关如何使用库的全面信息。我们建议新用户查看 Quick Start Guide 。该用户指南还包含一套 examples 关于如何使用可能感兴趣的MDAnalys库。

最简单的方法是 install the latest release 是使用可以通过以下两种方式安装的包 conda 或 pip.

首次安装时使用 conda:

conda config --add channels conda-forge
conda install mdanalysis

它将自动安装一个 全套依赖关系 。

要稍后升级，请执行以下操作：

conda update mdanalysis

安装时使用 pip 和一个 最小依赖集 ：

pip install --upgrade MDAnalysis

要安装，请使用 全套依赖关系 (包括以下各项所需的一切 MDAnalysis.analysis )，添加 [analysis] 标签：

pip install --upgrade MDAnalysis[analysis]

如果你想 run the tests 或使用示例文件来遵循文档中的一些示例或 tutorials, 还要安装 MDAnalysisTests 套餐：

conda install mdanalysistests            # with conda
pip install --upgrade MDAnalysisTests    # with pip

Source code 可从https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis/获得，并打包在 GNU Public Licence, version 3 or any later version 。源代码的各个组件是在GPL兼容许可下提供的，详细信息可以在 MDAnalysis license file 。通过以下方式获取信息源 git 。

git clone https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git

这个 User Guide 提供了有关如何 install the development version MDAnalysis的成员。

在已发表的作品中使用MDAnalysis时，请注明 [Michaud-Agrawal2011] 和 [Gowers2016].

MDAnalysis还包含特定的算法和完整的分析模块，其算法也已发表在科学文献中。请确保同时引用任何收录算法和模块的引文在出版的作品中。

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