17. 参考文献
MDAnalysis和包含的算法是学术出版物中描述的科学软件。 当您在已发表的作品中使用MDAnalysis时，请引用这些论文。
这是有可能的 automatically generate a list of references 适用于任何使用MDAnalysis的程序。该列表(以通用参考管理器格式)包含与程序中使用的特定算法和库相关联的引用。
17.1. 对整个MDAnalys库的引用
在已发表的作品中使用MDAnalysis时，请注明 [Michaud-Agrawal2011] 和 [Gowers2016].
(我们目前要求您引用 both 如果有可能的话，因为2016年的论文描述了对2011年原始论文的许多更新，而两篇论文本身都没有提供对类库的全面描述。我们将在即将发布的MDAnalys1.0版中发表一篇完整的自成体系的论文，届时将取代这两篇引文。)
N. Michaud-Agrawal, E. J. Denning, T. B. Woolf, and O. Beckstein. MDAnalysis: A Toolkit for the Analysis of Molecular Dynamics Simulations. J. Comput. Chem. 32 (2011), 2319–2327. doi:10.1002/jcc.21787
首页--期刊主要分类--期刊细介绍--期刊题录与文摘--期刊详细文摘内容 MDAnalysis: A Python package for the rapid analysis of molecular dynamics simulations 。在S.Benthall和S.Rostrup，编辑， 第15届 Python 科学会议论文集 ，第98-105页，德克萨斯州奥斯汀，2016年。这是科学技术。 doi:10.25080/Majora-629e541a-00e
17.2. 收录算法和模块的引文
如果您使用RMSD计算 (MDAnalysis.analysis.rms )或对齐代码 (MDAnalysis.analysis.align )，它使用 qcprot 请同时引用模块 [Theobald2005b] 和 [Liu2010b].
Douglas L. Theobald. Rapid calculation of RMSD using a quaternion-based characteristic polynomial. Acta Crystallographica A 61 (2005), 478-480.
Pu Liu, Dmitris K. Agrafiotis, and Douglas L. Theobald. Fast determination of the optimal rotational matrix for macromolecular superpositions. J. Comput. Chem. 31 (2010), 1561–1563.
如果你使用螺旋分析算法 HELANAL 在……里面 MDAnalysis.analysis.helanal 请举出 [Bansal2000b].
Bansal M, Kumar S, Velavan R. HELANAL — A program to characterise helix geometry in proteins. J. Biomol. Struct. Dyn. 17 (2000), 811–819
如果您使用GNM轨迹分析代码 MDAnalysis.analysis.gnm 请举出 [Hall2007b].
Benjamin A. Hall, Samantha L. Kaye, Andy Pang, Rafael Perera, and Philip C. Biggin. Characterization of Protein Conformational States by Normal-Mode Frequencies. JACS 129 (2007), 11394–11401.
如果您使用的水分析代码 MDAnalysis.analysis.waterdynamics 请举出 [Araya-Secchi2014b].
作者：R.Araya-Secchi，Thomas Perez-Acle，Seung-gu Kang，Tien Huynh，Alejandro Bernardin，Yerko Escalona，Jose-Antonio Garate，Agustin D.Martinez，Isaac E.Garcia，Juan C.Saez，Ruhong周。人类Cx26半通道结构中一种新的水袋的特征。 生物物理学杂志 ， 107 (2014)，599-612。
如果您在中使用路径相似性分析(PSA)代码 MDAnalysis.analysis.psa 请举出 [Seyler2015b].
Seyler SL, Kumar A, Thorpe MF, Beckstein O. Path Similarity Analysis: A Method for Quantifying Macromolecular Pathways. PLoS Comput Biol 11 (2015), e1004568. doi: 10.1371/journal.pcbi.1004568
如果您使用安可集成分析的实现， MDAnalysis.analysis.encore 请举出 [Tiberti2015b].
书名/作者Deberti/E.Papaleo；安可：量化合奏比较软件。 PLOS Comput Biol ， 11 (2015)，e1004415。能源部： 10.1371/journal.pcbi.1004415
如果在中使用流线型可视化 MDAnalysis.visualization.streamlines 和 MDAnalysis.visualization.streamlines_3D 请举出 [Chavent2014b].
Chavent, M., Reddy, T., Dahl, C.E., Goose, J., Jobard, B., and Sansom, M.S.P. Methodologies for the analysis of instantaneous lipid diffusion in MD simulations of large membrane systems. Faraday Discussions 169 (2014), 455–475. doi: 10.1039/c3fd00145h
如果使用中的氢键分析代码 MDAnalysis.analysis.hydrogenbonds.hbond_analysis 请举出 [Smith2019].
P. Smith, R. M. Ziolek, E. Gazzarrini, D. M. Owen, and C. D. Lorenz. On the interaction of hyaluronic acid with synovial fluid lipid membranes. PCCP 21 (2019), 9845-9857. doi: 10.1039/C9CP01532A
如果您使用 rmsip() 或 rmsip() 请举出 [Amadei1999] 和 [Leo-Macias2004] 。
Amadei, A., Ceruso, M. A. & Nola, A. D. On the convergence of the conformational coordinates basis set obtained by the essential dynamics analysis of proteins’ molecular dynamics simulations. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 36, 419–424 (1999). doi: 10.1002/(SICI)1097-0134(19990901)36:4<419::AID-PROT5>3.0.CO;2-U
Leo-Macias, A., Lopez-Romero, P., Lupyan, D., Zerbino, D. & Ortiz, A. R. An Analysis of Core Deformations in Protein Superfamilies. Biophys J 88, 1291–1299 (2005). doi: 10.1529/biophysj.104.052449
如果您使用 cumulative_overlap() 或 cumulative_overlap() 请举出 [Yang2008] 。
Yang, L., Song, G., Carriquiry, A. & Jernigan, R. L. Close Correspondence between the Motions from Principal Component Analysis of Multiple HIV-1 Protease Structures and Elastic Network Modes. Structure 16, 321–330 (2008). doi: 10.1016/j.str.2007.12.011
如果在中使用均方位移分析代码 MDAnalysis.analysis.msd 请举出 [Calandri2011] 和 [Buyl2018].
Calandrini，V.，Pellegrini，E.，Calligari，P.，Hinsen，K.，Kneller，G.R.NMoldyn-界面光谱实验，分子动力学模拟和时间关联函数模型。 收钱。SFN ， 12 ，201-232(2011)。能源部： 10.1051/sfn/201112010
这是一个计算随机和分子模拟动力学的小程序包。《开源软件学报》，2018年第3期(28期)，第877期(总目次)。能源部： 10.21105/joss.00877
如果使用计算形状参数 shape_parameter() ， shape_parameter() ， shape_parameter() 请举出 [Dima2004a].
DIMA，R.I.和Thirumalai，D.(2004)。蛋白质折叠和变性状态的形状不对称。 J Phys化学B ，108(21)，6564-6570。DOI：10.1021/jp037128y
如果您使用以下公式计算非球面 asphericity() ， asphericity() ， asphericity() 请举出 [Dima2004b].
DIMA，R.I.和Thirumalai，D.(2004)。蛋白质折叠和变性状态的形状不对称。 J Phys化学B ，108(21)，6564-6570。DOI：10.1021/jp037128y
如果使用，请使用中的介电分析代码 DielectricConstant 请举出 [Neumann1983].
Neumann, M. (1983). Dipole Moment Fluctuation Formulas in Computer Simulations of Polar Systems. Molecular Physics 50, no. 4, 841–858. doi: 10.1080/00268978300102721
如果您使用H5MD文件，请使用 MDAnalysis.coordinates.H5MD.py ，请引用 [Buyl2013] 和 [Jakupovic2021].
书名/作者：Reinessy，and Höfling F.(2013)。H5MD：用于分子数据的结构化、高效和便携的文件格式。 计算机物理通信 ，185。DOI：10.1016/j.cpc.2014.01.018。
Jakupovic E.和Beckstein O.，MPI-并行分子动力学轨迹分析，MDAnalysis Python程序包中的H5MD格式，在 第20届 Python 科学会议论文集 ，(Meghann Agarwal，Chris Cloway，Dillon Niederhut和David Shup.主编)，第18-26页，2021年。DOI：10.25080/Majora-1b6fd038-005.
17.3. 使用Duecredit的引文
可使用以下工具自动生成引文 duecredit, 具体取决于使用的套餐。Duecredit可通过以下方式轻松安装 pip 。只需键入：
pip install duecredit
duecredit 将保持可选依赖关系，也就是说，即使没有安装Duecredit，使用MDAnalysis的任何代码也将正常工作。
被引用的列表 yourscript.py 可以使用简单的命令获得。
cd /path/to/yourmodule
python -m duecredit yourscript.py
或设置环境变量 DUECREDIT_ENABLE
DUECREDIT_ENABLE=yes python yourscript.py
一旦引文被提取(到当前目录中的隐藏文件)，您就可以使用 duecredit 程序将它们导出为不同的格式。例如，用户可以使用BibTeX格式显示它们：
duecredit summary --format=bibtex
请列举您对MDAnalysis的使用以及它所使用的包和算法。谢谢!