13. 库函数 `MDAnalysis.lib`

MDAnalysis.lib 包含独立于特定MDAnalysis框架的代码，例如用于距离的快速计算器或简单的日志记录支持。模块不依赖MDAnalysis中的其他代码，但在 MDAnalysis.lib 本身(也可能在 MDAnalysis.exceptions )，因此可以很容易地进口到其他地方。

13.1. 概述

MDAnalysis.lib.distances 包含许多高性能的数学函数。他们中的大多数都有关键词后端它允许用户选择序列(单线程)代码 (backend="serial )或使用并行化版本(例如 backend="OpenMP" 用于OpenMP并行性)。

MDAnalysis.lib.transformations 包含大量用于操作坐标数据的矩阵运算。

MDAnalysis.lib.qcprot 包含通过最小化RMSD实现叠加的快速实现。

MDAnalysis.lib.util 包含各种文件和字符串实用程序函数，而数学函数位于 MDAnalysis.lib.mdamath 。

许多模块都与查找邻居有关。 MDAnalysis.lib.NeighborSearch 包含使用MDAnalysis对象执行邻居搜索的高级类。 MDAnalysis.lib.nsgrid 包含网格邻居搜索的快速实现，而 MDAnalysis.lib.pkdtree 使用KDTrees(带有周期图像)进行邻居搜索。中的一些函数 MDAnalysis.lib.distances 使用这两种算法中的任何一种来加快距离计算。

13.2. 模块列表

13.3. 低级文件格式

中的模块 MDAnalysis.lib.formats 包含以某种方式访问各种文件格式的代码 独立于其他MDAnalysis功能 (即，它们不使用来自 MDAnalysis.core 或 MDAnalysis.topology )。此低级代码用于 MDAnalysis.coordinates 模块，但也可以由其他基于Python的项目重复使用。

13.4. Libmd分析

这个 __init__.pxd 文件放入 MDAnalysis.lib.libmdanalysis 提供了一个单一的位置来 cimport MDAnalysis的公共Cython头。建议仅对高级开发人员执行此操作。

例如，假设我们正在编写一个Cython扩展模块 MDAnalysis.lib 我们想要创建一个函数来创建一个 MDAnalysis.coordinates.timestep.Timestep

from MDAnalysis.lib.libmdanalysis cimport timestep
# or we could use the relative cimport
# from .libmdanalysis cimport timestep

cdef timestep.Timestep make_timestep(int natoms):
   cdef timestep.Timestep ts = timestep.Timestep(natoms)
   return ts

目前公开为公共Cython头的模块有：

MDAnalysis.coordinates.timestep

有关更多详细信息，请咨询来源 MDAnalysis.lib.libmdanalysis.__init__.pxd

13. 库函数 MDAnalysis.lib

13.1. 概述

13.2. 模块列表

13.3. 低级文件格式

13.4. Libmd分析

13. 库函数 `MDAnalysis.lib`