4. 分析模块

这个 MDAnalysis.analysis 模块包含对MD轨迹执行特定分析功能的代码。它基于核心功能(即轨迹I/O、选择等)。分析模块可以用作如何使用MDAnalysis的示例，也可以用作研究项目的工作代码；通常，所有贡献的代码都已由作者在自己的工作中使用。使用可用模块的分析通常遵循相同的结构

导入所需的模块，因为默认情况下不导入分析模块。
从先前导入的模块初始化分析类实例。
运行分析，可选择针对特定轨迹切片运行分析。
从以下位置访问分析 results 属性

from MDAnalysis.analysis import ExampleAnalysisModule  # (e.g. RMSD)

analysis_obj = ExampleAnalysisModule.AnalysisClass(universe, ...)
analysis_obj.run(start=start_frame, stop=stop_frame, step=step)
print(analysis_obj.results)

请参阅单独的模块文档以了解任何特定的警告，并阅读和引用与这些算法相关的参考论文。

其他依赖项

中的一些模块 MDAnalysis.analysis 需要额外的Python包才能启用全部功能。例如, MDAnalysis.analysis.encore 在以下情况下提供更多选项 scikit-learn 已安装。如果将MDAnalysis与一起安装 pip (请参阅正在安装MDAnalysis )这些包裹是 未自动安装 。尽管如此，用户可以添加 [analysis] 标记添加到 pip 命令来强制安装它们。如果将MDAnalysis与一起安装 conda 然后是一个 全套依赖关系 是自动安装的。